中医药学是起源于古代中国人民的实践经验的一门典型的民族医学，经过上千年的临床实验与经验总结不断发展，并成功地应用于多种类型疾病的临床治疗。草药配方是中医的主要治疗理念，它通过潜在的草药交互作用来治疗各种疾病，在降低不良反应的同时最大化治疗效果。然而，由于传统研究方法的不足，草药配伍的理论基础仍然是一个谜。另外，中药的成份很多、作用机制复杂，这一特点造成了中药作用机理的不明确。针对以上两个问题，本文建立了一个用于识别中药活性组分以及研究其作用机理的系统药理学模型，该模型集成药物药代动力学筛选、靶点预测、网络构建、代谢通路和系统分析为一体，开辟了从系统水平研究中药的新纪元。在目前的工作中，我们选取了一个代表性的配方—麻黄汤，来概述和讨论中药的配伍规则；还选取了临床上广泛用于的抗流感治疗的注射剂—热毒宁注射液作为研究对象，来阐述中药复方的作用机制。通过在分子以及系统水平上对各个草药的功能和相容性的深入研究，主要结果如下：（1）理解了中药的配伍机制：君药在复方中起主导作用，通过作用于主要靶点来治疗疾病；臣药通过作用于与君药相同的靶点来增强君药的药理作用，从而减少君药所需剂量；佐、使草药可以提高君、臣药的生物利用度，协调他们各成份的活性；（2）提供了热毒宁注射液对抗流感的新思路，即促进免疫调节并增强抗炎作用，这为治疗流感提供线了新的线索；（3）证明了中医的多向药理学治疗机制，即多成分、多靶点、多疗效。草药的多个组分提供了一个同时探索多个致病机制的独特机会，草药通过增加生物利用度或促进不同药物的协同作用等协同机制来治疗疾病。这些潜在的协同机制也表明，药物组合要比单味草药的使用有效的多。系统药理学不仅能够在分子/系统水平上揭示各种剂型中药的作用机制，也对开发更多治疗复杂疾病的有效药物提供了线索。