构建合理的社会秩序是法律的目标之一，而公正(正义)也是法律永恒的价值目标，但在不同的法律制度中，其所追求的价值目标是有所侧重的。当维护公正(保护国有资产)的国有资产公益诉讼制度与维护社会交易秩序的诉讼时效制度产生冲突时应作何种选择呢?显然应当注重保护交易秩序，换言之即是公益诉讼中国有资产请求权仍应受诉讼时效制度的制约。因为确立诉讼时效制度的本意就是要创设一种合理的社会交易秩序。当然，例外也是存在的：国家专属所有的国有财产之返还财产请求权等不适用诉讼时效制度。 就诉讼时效制度的具体设计而言，由于国有资产公益诉讼有着与传统民事诉讼的诸多不同特征，如其着重在于国有资产作为社会财产的倾斜保护；无直接利害关系人也同样被赋予了国有资产公益诉讼的诉讼资格等等，这则必然导致国有资产公益诉讼将具有不同于传统立法的自身独有的诉讼时效制度。例如时效期间应当规定为二十年以上，从权利人(包括无直接利害关系人)能或应当能行使诉讼权利时起算即知道或应当知道国有资产受到侵害及无客观障碍的存在等等。