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人细小病毒B19是所有真核病毒中最简单的一类单链线状DNA病毒,其基因组全长为5594碱基(nt)。该病毒临床表现谱广泛而复杂。自1990年首次证实我国存在细小病毒B19感染后,陆续报告细小病毒B19是我国孕妇非免疫性流产、儿童急性再障危象、急性血小板减少性紫癜等疾病的重要病因之一。同时,我国妇女和儿童血清中保护性抗体水平低,易发生该病毒感染。因此,迫切需要一种快速、敏感、高通量、高效的临床诊断方法。 基因芯片技术为细小病毒B19的检测提供了一种有效途径。利用基因芯片技术,可将病毒的所有基因信息集成到一块小小的玻片上,作为临床诊断和治疗的依据。实验中我们使用了两种方法制备芯片探针。一种是PCR扩增DNA片段,另一种是人工合成寡核苷酸探针。 本研究首先利用Primer Premier 5.0软件针对细小病毒B19基因组保守区域设计PCR特异性引物。扩增特异性片段,纯化PCR产物,连接T载体并转化;提取重组质粒,测序鉴定;扩增质粒,将产物纯化并作为基因芯片的探针。用基因芯片点样仪将探针固定在特殊处理的玻片上。运用限制性显示(RD)技术,用Cy3标记的通用引物标记样品,重复检测。通过与基因芯片杂交,严谨洗涤,将非特异性的标记片段洗脱后,经扫描仪扫描,计算机解读。扫描结果显示,制备的芯片可有效检测出细小病毒B19基因。 其次通过合成仪合成60 mer寡核甘酸探针来制作寡核甘酸基因芯片。根据GenBank数据库中的信息,利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的BLAST分析软件找出细小病毒B19的保守序列,用生物学软件Oligo6.0设计10条60 mer Oligo探针。使用ABI公司3900合成仪合成探针,以12%变性PAGE纯化探针,制备寡核苷酸基因芯片。将芯片分别与Cy3标记的细小病毒B19基因及正常人cDNA杂交,比较杂交结果。结果与病毒基因杂交的芯片杂交信号明显,而与正常人cDNA基本无杂交。 综上所述,本研究采用了PCR扩增和寡核苷酸合成等两种方法制备细小病毒B19检测芯片探针,制备了细小病毒B19检测基因芯片。并进行了检测芯片可靠性的实验室验证及初步应用。