生物信息学是在生命科学的研究中,以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。如何设计快速而有效的算法对生物数据进行处理,从而发现蕴涵于其中的丰富生物知识,是生物信息学研究的重要内容。 本文主要对适用于生物序列数据上的后缀树索引技术和生物信息学中的多序列比对算法进行了分析和研究。在分析了后缀树在生物序列数据上应用的主要问题的基础上,为了解决后缀树索引占用过多内存空间的问题,提出了部分后缀树的索引技术,包括了索引的创建和在其上的查询,理论分析和实验结果显示新方法有效的降低了存储空间的代价,并且子部分非常适合分布处理。在部分后缀树的基础上提出了后缀树的并行算法,解决了后缀树在应用上的内存瓶颈问题,因此更适合大规模的序列分析。本文深入分析了多种多序列比对算法,把引入知识到序列比对中的思想应用到采用渐进策略的Clustalw算法中,作为对算法的改进,能够通过已有的知识得到更好的比对结果。