中国军队的侦查职能由中国人民解放军总政治部保卫部及各军种保卫部门行使，以中华人民共和国法律法规和军事法规为依据，一方面履行专政职能，防范和打击间谍、敌对分子及军队内部犯罪分子对军队的破坏活动；另一方面履行保护军人民主权利和合法权益的职能，维护军队内部的安定团结。中国军队侦查运行机制是随着军队建立、发展而逐步成长完善的，现行中国军队保卫部门的侦查职能是对外严防敌对分子对国家和军队的破坏活动，对内行使军队内部刑事案件的侦查和预审的职权。随着国家法治的不断完善，相关法律及军事法规的出台，军队侦查运行机制也逐步走上了规范化、法治化的道路，与军事检察院、军事法院形成了科学统一的军事司法体系。但是由于侦查运行机制近半个世纪以来基本没有变化，其机制上的固有缺陷导致现行军队的侦查工作在实践中无法很好的应对新的形势任务，主要表现在侦查机构的职能削弱、侦查权行使不独立和保卫部门侦查技术落后等方面。本文从侦查机构和侦查权行使的角度，分四章对中国军队侦查运行机制进行研究。第一章论述中国军队侦查运行机制的演进，从历史演进的角度解决军队侦查是什么的问题；第二章评述中国军队现行侦查运行机制，发现中国军队侦查工作问题所在；第三章比较研究美国军队侦查运行机制，从横向的角度拓展视野，借鉴别国好的做法；第四章在前三章的的研究基础上，笔者从侦查机构的设置和侦查权行使的角度对完善中国军队侦查运行机制进行一些思考。