当今世界，全球化与区域一体化经济共同发展。一个以创新为动力、智力资源为支撑、金融发展为保障的知识经济时代已经来临。纵观世界经济每一次产业革命的兴起无不源于科技创新，而成于金融创新。因此，促进科技与金融的结合已成为全球新一轮竞争的尖兵利器。就我国而言，为迎接知识经济的挑战，实现区域经济协调发展，必须大力推进科技创新，促进科技与金融的紧密结合，全面提升区域创新效率，缩小区域竞争差距。但在促进区域创新协调发展中，会遇到资金筹集、资源整合等诸多方面的难题。因此，我国需要构建一个良好的区域创新外部环境，尤其是金融支持环境。　　在此背景下，本文立足金融支持这一环境因素，以东中西三大区域为研究对象，构建了区域创新效率的金融支持指标框架，并运用三阶段DEA方法，在控制金融支持因素的基础上考察了2003-2008年间创新效率的区域差异及发展趋势问题。研究发现:六年间，金融支持对三大区域创新效率存在显著性影响但影响迥异，三大区域创新效率总体呈上升趋势但呈现非均衡性。最后，根据实证分析结果，本文分别从促进科技与金融结合、优化科技融资结构以及发挥政府杠杆效应等三个方面提出了缩小区域创新效率差距、全面提升区域创新效率的政策建议，推进我国建设创新型国家的步伐。