随着国家对于高等教育越来越重视,高校的办学规模日益扩大,发展速度日益提升,资金来源愈加多元,高校的内控建设也越来越为人们所关注。内部控制审计对于完善内部控制来说,其重要性是不言而喻的。它同高校内部控制的建立和实施共同构成有机循环,是衡量高校内部控制设计与运行有效性的一把“尺子”。近年来,高校贪污腐败案件日益增多,内部控制的不健全,内部控制审计工作的缺失,是重要原因之一。基于我国已出台的内部控制审计相关法律法规,本文对国内外内部控制审计以及高校内部控制审计相关研究进行了梳理。在阐述内部控制审计基本理论以及高校内部控制审计相关概念的基础上,以S高校为案例,运用理论分析、调查问卷、案例研究等相结合的方法,针对S高校内部控制审计现状,研究其所面临的具体问题。通过将内部控制审计回归审计理论本身以及借鉴美国、法国等高校开展内部控制审计工作的经验,最终确定解决问题的重心,将S高校所面临的具体问题划分为以通过实务指南与内部控制手册解决的“审计标准”问题,以及在内部控制审计工作开展前后高校通过调整自身可以解决的实施对策问题两类。影响高校内部控制审计工作开展的主要问题,是由于“审计标准”的缺失所导致的,没有标准,审计人员便没有实施的章法,也没有评价的依据。这个问题可以通过内部控制审计实务指南与内部控制手册相结合得到解决。针对实务指南与内控手册如何更好的为内部控制审计服务,本文提出了相应的建议。而诸如内部审计机构归属、人员安排以及评估机制等实施对策问题,高校可以在内部控制审计实施前后通过调整自身而加以改善。针对这类问题,本文也尝试提供了易于操作的实施方案,希望能够有力的促使内审部门更好的开展内部控制审计工作,也为内部控制审计在行政事业单位的发展提供一些借鉴。