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本实验基于毛细管电泳SSR荧光标记，在DNA快速提取、PCR扩增及PCR产物检测等方面建立了一套高通量玉米品种SSR标记检测体系，为大批量玉米品种检测及大规模玉米品种DNA指纹库构建奠定了基础。并用不同的SSR引物对15份自交系进行类群划分，探讨引物的选择对分析结果的影响，为玉米品种检测在引物的选择上提供理论依据。本实验研究结果如下： 1．本实验探索了适用于玉米品种鉴定及DNA指纹库构建的玉米品种DNA快速煮沸法，用快速煮沸法提取了玉米种子胚、胚乳；水培初生根、侧根；种子出苗后的初生根、侧根、胚芽鞘、胚轴、叶片等组织DNA，结果表明，种子胚、胚乳组织；水培2～4d水培初生根、侧根组织；出苗1～5d的胚芽鞘、胚轴组织用快速煮沸法提取DNA效果较好。而且快速煮沸法提取的DNA完全可以用于毛细管电泳荧光标记检测。 2．由于ABI3730XL DNA分析仪的灵敏性很高，普通的PCR扩增反应条件不适应其检测系统。通过调整PCR各反应成份的量以及循环条件，最终确定一套适合该检测系统的PCR扩增及检测体系。 3．本实验用毛细管电泳荧光标记检测法和变性PAGE银染检测法同时对192份玉米品种7个SSR位点检测分析，并比较这两种SSR检测方法的异同。两种方法检测的片段大小基本一致。变性PAGE银染检测法的仪器及试剂成本较低，适宜少量材料的检测分析，尤其是SSR标记的筛选；但其操作过程烦琐，影响因素较多，而且效率较低。毛细管电泳荧光检测法具有高通量、高效率、数据精确、检测系统灵敏等优点，适用于大批量材料的检测分析。 4．本实验以从网上筛选的163对SSR引物对15份国内骨干自交系进行类群划分。163对SSR引物中，有22个引物扩增失败或者出现严重的缺管现象，其余的141对SSR引物分别检测到2～8个allele，共检测到665 allele，平均每个引物检测到4.7个allele，各引物的PIC值为0.24～0.844，平均PIC值为0.68。选择不同的引物对15个自交系进行聚类分析，结果表明，选用不同的SSR引物对15份自交系的聚类分析结果影响较大。