拟穴青蟹(Scylla paramamosain)隶属于甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、短尾亚目(Brachyura)、梭子蟹科(Portunidae)、青蟹属(Scylla)，在我国东部沿海广泛分布。其作为青蟹属4个种中的优势种有着个体大、生长快、肉味鲜美、营养丰富、适应性强等特点，是我国的重要的经济养殖蟹类之一。随着市场的需求增加，拟穴青蟹的人工养殖量和捕捞量也逐年增加。然而环境的恶化、高密度的养殖模式和野生资源的过度捕捞使的拟穴青蟹的种质资源快速下滑。在此背景下，构建优势基础群和遗传育种变得十分重要。本研究对拟穴青蟹子一代个体的16个生长性状进行测量和相关性分析，并鉴定出在雌、雄间显著差异的生长性状，通过通径分析，鉴定出对体重具有显著影响的性状，最后构建最优线性回归方程。另外分析了129个转录组来源的微卫星标记与生长性状的相关性，旨在为拟穴青蟹新品种培育和分子标记辅助育种技术的建立奠定基础。所获得的实验结果如下：1.在拟穴青蟹子一代随机选取96个体，对96个体进行性别鉴定，和16个生长性状的测量。统计雌、雄比例，运用SPSS软件分析雌、雄在16个生长性状的差异，并分别对雌、雄的16个生长性状间的相关性和15个生长性状对体重的影响效果进行分析，并运用通经分析分别分析生长性状对体重的效应。在拟穴青蟹子一代的统计中发现雌、雄比例为1:2。对雌、雄差异性状的分析中发现有9个生长性状在雌、雄间存在显著差异。在雌性中16个生长性状两两的相关系数为0.524-0.997。通经分析发现在雌性中，生长性状甲长和第2侧齿间距对体重有显著的直接效应，其通径系数分别为1.124和-0.186。甲长和第2侧齿间距对体重的决定系数分别为1.263和0.035，其复合相关指数为0.951，这表明这两个性状为在雌性个体中影响体重的主要自变量。在雄性中16个生长性状两两的相关系数为0.881-0.999。通经分析表明，在雄性中，性状体高、大螯掌节高和第二步足长节长对体重有着显著的直接效应，其通径系数分别为0.484、0.300和0.225。体高、大螯掌节高和第二步足长节长对体重的决定系数分别为0.234、0.090和0.051，其的复合相关指数为0.967，这表明在雄性个体中影响体重的主要自变量为这三个性状。另外，构建了2个最优线性回归方程，雌性：Y (体重)=4.969X1(甲长)–0.758X2(第2侧齿间距)–140.177，雄性：Y (体重)=3.806X1(体高)+2.371X2(大螯掌节高)+1.725X3(第二步足长节长)–123.559。2.应用基于454高通量转录组测序开发的129对微卫星标记引物，对拟穴青蟹子一代96个体进行扩增，获得30个多态性的微卫星标记。这30个微卫星标记分别在拟穴青蟹子一代的观测杂合度为0.19-1.00，期望杂合度为0.23-0.96，PIC为0.21-0.95。通过SPSS软件对这30个微卫星标记与16个生长性状进行关联分析。发现3个微卫星标记共与12个生长性状连锁，位点Scpa36与甲长、腹部宽、体高、大螯不动指长、大螯掌节宽、大螯掌节高、第二步足长节长、第三步足长节长8个生长性状存在连锁（P<0.05），位点Scpa75与甲内宽、腹部宽、第8齿甲宽、第2侧齿间距、第三步足长节长5个生长性状存在连锁（P<0.05），位点Spm30与体高、第二侧齿间距、体重3个生长性状存在连锁（P<0.05）。并对3个微卫星标记的每个微卫星标记的不同基因型间进行多重比较分析，一些基因型（Scpa36的BC, Scpa75的BC和BD, Spm30AC）在拟穴青蟹部分生长性状中表现为最佳基因型。本文通过连锁分析找到3个与12个生长性状连锁的微卫星标记。