随着我国科技兴国战略的实施和国民经济的不断发展，国家对科技研发的投入大量增加，解决了诸多重大需求的技术科学问题和关键共性技术问题。同时国家也开始加强针对科研经费的监督管理力度，制定了“改革和强化科研经费管理，建立严格规范的监管制度”的政策要求。　　 科研院所主要承担了众多科研任务，科研经费占整个科研院所收入的大部分，成为其重要的资金来源，这就决定科研经费管理在科研院所整体管理中占有举足轻重的地位，如何加强科研经费管理，使资金使用发挥最大的效益，不仅对高质量完成科研任务有着重要意义，更对科研院所自身经济效益与社会效益的提高、争取科研项目的能力乃至生存发展起着关键作用。　　 本文对科研院所中科研经费预算执行中出现的诸多问题，比如经费预算执行和项目管理不协调、经费预算执行与计划执行不同步以及经费预算执行考核不完善等，以ZJ所的实际执行情况为例进行探讨和分析，提出加强科研经费预算执行与监控的方法和建议，以提高科研经费的使用效率、强化科研经费的管控、降低科研经费审计风险。希望对相关类型的科研机构提供参考。