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近年来，猪群中新发病原不断，特别是小DNA病毒直接或间接地给养猪业造成了巨大的经济损失。猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2, PCV2)、猪输血传播病毒(Porcine torque sus tenovirus, TTSuV)及猪博卡病毒(Porcine bocavirus, PBoV)都是小DNA病毒，其基因组序列全长在1.7kb-5.9kb之间。在研究我省PCV2、TTSuV和PBoV分子流行病学中，根据PCR引物设计原则，运用现代分子生物学技术，本实验目的在于建立能同时检测出猪圆环病毒2型(PCV2)和猪博卡病毒(PBoV)的两重PCR检测方法及猪输血传播病毒1型(TTSuV1)和猪输血传播病毒2型(TTSuV2)之间的多重套式PCR检验方法。分别通过对各个单项PCR的引物浓度、最佳退火温度等实验条件进行不断优化，建立起最优的检测体系。对江西省23个地区2013年采集的疑似圆环病毒2型感染的各阶段同一病猪的肺、脾脏、淋巴结及小肠组织121份进行PCV2和PBoV两重PCR检测，共检出PCV2阳性病料数为79份，阳性率为65.29%，PBoV阳性病料数为68份，阳性率为56.2%，PCV2和PBoV混合感染数为59份，感染率为48.67%。对江西省9个地区的67份血液样品和相应组织样品进行了检测，结果表明猪群中TTSuV1和TTSuV2感染总阳性率分别为55.22%和65.67%，二者的混合感染率为41.79%。34份样品表现为PCV2和TTSuV1的混合感染，占样品总数的50.75%；42份样品表现为PCV2和TTSuV2的混合感染，占62.69%；另外，还有28份样品为三重感染，占41.79%。同时，还在试验中建立了一种用于快速检测PCV2的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法，该方法比传统PCR灵敏度高出100倍，且对PCV2有很高的特异性。分别使用传统PCR方法和LAMP方法对121份疑似PCV2样品进行检测，结果表明：LAMP方法的检出率为65.29%，与传统PCR方法检出率相同，PCR方法和LAMP方法检测样品的阳性符合率为100%。最后，根据GenBank上公布的序列设计一对PCV2全基因序列扩增的背对背引物，经过扩增测序后获得到了9条PCV2全基因序列，通过对这9株PCV2江西省地方流行毒株全基因序列核苷酸及蛋白序列分析及制作遗传进化树，结果显示：9株PCV2江西省地方流行毒株中，有8株基因组序列全长为1767bp，1株全基因组序列全长为1768bp。同源性分析结果表明，9株PCV2之间的核苷酸同源性为94.7%-99.8%，将这9株全基因序列与GenBank己发表的27株PCV2分离株基因组序列比较，发现其同源性为94.3%-99.8%；遗传进化树显示9株PCV2江西分离株主要分为3种基因型，其中九江株(JJ-JX-CN)、高安株(GA-JX-CN)、新建株(XJ-JX-CN)、南昌株(NC-JX-CN)和宜春株(YC-JX-CN)这5株与AF055394(英国株)同属于PCV2b亚型，亲缘关系较近；吉安株(JA-JX-CN)、抚州株(FZ-JX-CN)和上饶株(SR-JX-CN)与AY181946(中国株)同属于PCV2d亚型，形成一个大分支。赣州株(GZ-JX-CN)与AB426905(日本株)参考株同属于PCV2a亚型；分析这9株PCV2的ORF2核苷酸及其所推导的氨基酸序列与参考株同源性，发现分别为91.2%-99.9%和80.3%-100%，存在较大的变异可能。而分析其ORF1和ORF3核苷酸及其所推导的氨基酸序列与参考株同源性，发现分别为96.9%-100.0%和97.8%-99.7%，97.1%-100%和96.2%-100%，变异程度较小。这对及时更好地了解PCV2在及其对江西地区的流行和进化情况，提供了理论依据及参考意义。