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摘要：在真核生物中,DNA甲基化是表观遗传学重要的修饰方式之一,对基因的表达具有调控作用,研究表明：DNA甲基化在动物生长和组织发育分化中具有重要作用。本研究以17周龄北京油鸡肌肉和卵巢组织为实验材料,应用甲基化敏感扩增片段多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism, MSAP)方法检测2个组织基因组DNA甲基化程度,通过毛细管电泳结果优化了实验条件,开发了MSAP荧光检测数据的自动分析软件,对北京油鸡肌肉和卵巢组织及不同体重组间基因组DNA甲基化水平差异进行研究。结果如下：1、采用毛细管电泳荧光检测技术分析MSAP选择性扩增产物,通过对基因组DNA用量、预扩增产物稀释倍数、选择性引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、电泳DNA量、内标量和进样时间等8个主要参数进行分析和优化,优化了用于北京油鸡基因组DNA甲基化分析的MSAP毛细管电泳荧光检测体系。2、应用MSAP方法检测北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平。对获得的MSAP荧光检测初始数据分别应用直接取整法、整区间放置法和半区间放置法等三种自动处理方法进行分析并比较。结果显示：整区间放置法和半区间放置法比直接取整法更适用于MSAP荧光检测初始数据的分析,建立了基于半区间放置法分析原理的可在线分析MSAP荧光检测初始数据的软件--MSAP Analyst。3、应用MSAP方法检测北京油鸡肌肉和卵巢组织的基因组DNA甲基化状态。12对选择性扩增引物共产生53027条清晰的扩增条带,平均每个个体每对引物组合可获得150个条带。在检测的个体中,肌肉组织的甲基化水平为54.04%,卵巢组织为57.06%,2种组织的甲基化水平差异显著(P<0.05),肌肉和卵巢组织基因组DNA甲基化差异主要存在于全甲基化位点中。分离鉴定了5个可能与组织分化相关的特异性甲基化片段,除1个位于3’下游,其余均位于内含子中。4、应用MSAP方法检测高低体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化状态。12对选择性扩增引物共产生50776条清晰的扩增条带,高体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平为53.70%,低体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平为55.86%,方差分析结果显示：高低体重组北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平差异显著(P<0.05),体重因素与性别因素之间无互作效应。Pearson等级相关分析显示：北京油鸡肌肉组织基因组DNA甲基化水平与体重之间存在显著负相关(P<0.05)。分离鉴定了14个可能与体重有关的特异性甲基化片段,其中2个位于5’上游、2个横跨内含子与外显子区、6个位于内含子区、1个位于3’下游。