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本文从以下几部分展开：
第一部分
目的：探讨建立临床简便可行的、便于进行后续质谱分析的胆汁蛋白双向电泳的可能方法。
材料与方法：选取恶性梗阻性黄疸患者PTBD外引流术后三天内、无感染的纯净胆汁样品2份，分别用丙酮沉淀法和血浆去高丰度蛋白试剂盒法进行胆汁蛋白的提取纯化和双向电泳。
结果：丙酮沉淀法得到的胆汁蛋白能满足双向电泳的需要，配合高速离心法提纯满意，进行双向电泳后得出的蛋白点较清晰；而血浆去高丰度蛋白试剂盒处理的胆汁蛋白量不能满足双向电泳和进一步质谱分析的需要。
结论：丙酮沉淀法提取纯化胆汁蛋白简单方便，可以适合双向电泳-质谱分析的需要。
第二部分
目的：应用血浆去高丰度蛋白试剂盒和双向电泳-差异分析方法筛选和确认胆管癌血浆的差异表达蛋白，为临床发现新的胆管癌肿瘤标志物或预测临床治疗反应的靶点。
材料与方法：原发性肝癌(B组)和非肝癌(A组)引起的恶性梗阻性黄疸患者各2例，B组包括肝细胞癌(B1)和胆管癌(B2)，接受PTBD外引流术后三天内留取胆汁的同时抽取血液。分别通过血浆去高丰度蛋白试剂盒纯化处理后进行双向电泳，用Imagemaster电泳图像分析软件分别对比A组与B2、B1和B2，寻找差异蛋白点。
结果：双向电泳图谱对比、差异分析发现胆管癌与肝细胞癌和非肝源性肿瘤间存在明显差异表达蛋白。
结论：胆管癌存在着不同于非肝源性肿瘤及肝细胞癌的差异表达蛋白，可能是胆管癌特异表达蛋白，这些潜在的特异表达蛋白可能作为胆管癌特异肿瘤标志物或治疗靶点蛋白质。
第三部分
目的：应用质谱方法鉴定和确认胆管癌血浆的差异表达蛋白，为临床发现新的胆管癌肿瘤标志物或预测临床治疗反应的靶点。
材料与方法：对双向电泳-差异分析中发现的胆管癌差异表达蛋白中选取差异较明显和感兴趣的蛋白点共11个，用MALDI-TOF/ToF质谱仪进行一级和二级质谱分析，通过基于Mascot Daemon数据库的GPS Explorer TM Soft Ware软件进行处理，得出各蛋白点的相关信息。
结果：除了33号蛋白点外，处理的10个蛋白点得到了一级和二级质谱信息，并最终得到了可能的蛋白质信息。几种蛋白质分别是血红蛋白α片段、血浆视黄醇结合蛋白前体、结合珠蛋白前体、免疫球蛋白11链恒区、甲状腺结合蛋白前体、免疫球蛋白K链Ⅴ-Ⅲ区、免疫球蛋白轻链片段、抗RhD单抗K链前体。
结论：胆管癌存在不同于其它肿瘤的差异表达蛋白点，这些蛋白质多为免疫球蛋白及其前体与片段，显示胆管癌与免疫功能密切相关。