棉花枯萎病是棉花种植区常见的一种病害,目前在海岛棉中发病严重,它的发生和发展直接影响到棉花的产量和品质。本研究是以抗病亲本5917和感病亲本Pimas-7组配的F2:4群体(P1)、由143份海岛棉种质资源构建的自然群体(P2)、以及由感病亲本新海14和抗病亲本06-146组配的RIL系群体(P3)为材料,对海岛棉枯萎病抗性遗传分析及种质资源抗性进行了评价,同时研究了海岛棉枯萎病抗病相关基因表达特性挖掘及抗病性相关标记筛选。首先对P3群体的抗病性分析,再在P1上对所得结果进行验证,对P2评价,得到抗病性好的材料;其次通过查阅文献及EST文库搜索查询与棉花枯萎病抗病相关的EST标记序列,设计引物,再在枯萎病诱导条件下,对海岛棉和陆地棉抗感材料进行抗病相关的基因表达特性分析评价;最后利用实验室前期定位好的3组6对标记在P1上进行与病级和农艺性状之间的相关分析,找到与海岛棉抗枯萎病有关的标记,为其抗病性分子标记辅助育种提供有益借鉴。综合整个研究得出的结论如下:1.本研究通过对三个海岛棉不同遗传群体的枯萎病抗病表型特征进行进行田间调查,结果表明:(1)通过对海岛棉枯萎病发病特征进行分级统计,发现三个群体在花铃期的病情指数和病级均成正偏态分布,P1和P3群体在病级和病情指数分布上出现了超亲材料;(2)通过方差分析发现三个不同群体间的的病情指数和病级均存在显著差异,其中P2群体在两个抗病性状上值最高,变异系数最小,P3群体在两个抗病性状上值最低,变异系数最大;(3)通过估算遗传力得出的海岛棉枯萎病抗性的广义遗传力在70%左右,为中等遗传力;(4)对搜集到的143份海岛棉种质资源进行聚类,共分为四大类,其中,新疆自育品种抗病性总体较好。2.利用已分析得到与胁迫相关(Stress related)、防御相关(Defense related)、细胞壁结构(Cell wall structure)、生长光合作用相关(Growth photosynthesis)的4段EST抗病标记序列和通过查阅文献及利用NCBI网站上公布的一条来自于棉花MAPK基因D组且与抗病性相关的一条标记序列,实验室测序所获得类黄酮合成相关(Flavonoid biosynthesis-related)、谷胱甘肽转移酶(Glutathione S-transferase)、糖基转移酶(Glycosyltransferase)、棉酚合成相关(Gossypol biosynthesis-related)、致病相关蛋白(Pathogenesis-related proteins)、转录因子(Transcription factor)等抗病标记序列在抗感病材料上出现差异表达,通过设计的引物在枯萎病诱导条件下,对海岛棉和陆地棉抗感病材料进行抗病相关的基因表达特性分析对其标记进行评价,结果表明:CFW3、CFW8、CFW10、CFW17、CF2、comp71372、comp60501、comp62329、comp65705、comp55896和comp62810在陆地棉和海岛棉抗感材料中表达差异明显,可以区分出抗感材料。3.利用已得到的与抗枯萎病有关连锁的标记在RIL系群体中进行标记与病级和农艺性状之间的相关分析,得到的定位标记014、016、和棉花枯萎病病级显著相关和标记BNL1066。这3对可作为有效的遗传标记用于海岛棉抗枯萎病的相关分析。现将这3对标记在P1群体上进行验证,鉴别出抗病与感病的材料,利用组合标记014-R/016-R/BNL1421-R更能有效选择高抗枯萎病病性的材料。