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随着科技进步和社会生产的发展，猪的育种方法也在不断改进，以功能基因组学、分子标记辅助育种和转基因技术等分子育种技术逐步与传统的育种方法紧密结合并作为生物科技的前沿领域，已成为当代猪育种的重要方向。大量生物信息学的发展和公共数据资源库的共享，为分离、定位和筛选具有影响猪性状的基因提供了新的思路。本论文通过候选基因的方法，并结合猪的EST信息和比较基因组的策略，分离鉴定猪3个与脂肪沉积相关的新基因，并对基因与部分性状进行了关联分析和结构功能域的预测，取得了如下结果：1．依据候选基因法，通过猪EST信息库钓取从GenBank中搜索猪的同源EST，由EST构成的连接群(contig)设计引物，从通城猪基因组中分离克隆三个基因片段为：过氧化物2，3—二烯酰CoA异构酶(PECI)、wingless-type MMTV integration site family, member 10B(WNT10B)、dickkopf homolog 1(DKK1)基因，将DNA序列提交到NCBI的GenBank，GenBank收录号分别为DQ291159，DQ518413，DQ517932。2．通过电脑克隆策略结合RACE技术，获得了PECI基因的全长cDNA，通过结合猪EST信息扩增测序出较完整的猪DKK1基因的基因组信息，并分别对相应的氨基酸序列和蛋白质的结构、功能进行了初步分析和预测。猪的PECI、DKK1基因的氨基酸序列与人的该氨基酸序列同源性分别达81％和84％。3．采用半定量RT-PCR方法检测了PECI、WNT10B和DKK1基因在猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪等七个组织中的表达情况，结果表明PECI基因在所检测的组织中广泛表达，WNT10B和DKK1基因在脂肪组织中表达量相对较高，为了解早期胚胎期该基因在肌肉中的分布情况，对PECI和DKK1基因进行了时空表达谱分析，研究表明PECI基因在早期的表达是一个上升的过程，而对于DKK1基因早期只在肺脏组织中表达。4．对PECI基因和DKK1两个基因的氨基酸序列进行了功能结构域、跨膜结构、亲水性和疏水性的预测，利用网上CLUSTAL软件进行多序列比对，采用DNASar软件的CLUSTAL W方法进行相关的进化树分析。5．用猪×啮齿类体细胞杂种板和猪×仓鼠辐射杂种板将新分离的3个基因分别进行了染色体的区域定位和精细定位。定位结果如下：PECI基因定位于SSC7p13，与S0383紧密连锁，LOD=12.84；WNT10B基因定位于SSC5p11-p15，与SW439紧密连锁，LOD=5.09；DKK1基因定位于SSC14q25-q26，与SW1552紧密连锁，LOD=6.74。6．采用PCR-RFLP方法检测了PECI、WNT10B两个基因3’-UTR区的多态性并进行了其与猪生产性状的关联分析，结果发现：①PECI基因PvuII-RFLP位点不同基因型在臀部背膘厚、平均背膘厚和肌肉颜色三个重要性状存在显著差异(P＜0.05)；WNT10B基因Cfr42I—RFLP位点与腿臀肉骨率存在显著关联(P＜0.05)，眼肌面积达到极显著水平(P＜0.01)。②PECI基因PvuⅡ-RFLP位点的CT基因型个体与TT基因型个体肌肉颜色差异极显著(P＜0.01)；CC基因型个体与TT基因型个体臀部背膘厚差异极显著(P＜0.01)，在三点平均背膘厚和肌肉颜色差异显著(P＜0.05)；CC基因型个体与CT基因型个体三点平均背膘厚差异显著(P＜0.05)。③WNT10B基因Cfr42I—RFLP位点的CT基因型个体与TT基因型个体眼肌面积差异极显著(P＜0.01)；CC基因型个体与CT基因型个体腿臀肉骨率和眼肌面积差异显著(P＜0.05)；CC基因型个体与TT基因型个体腿臀肉骨率和眼肌面积也存在差异显著(P＜0.05)。