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RNA干扰(RNA interference,RNAi)是20世纪90年代末发现的一种真核生物细胞在转录后引发基因沉默(gene silencing)的分子机制,该机制的发现在2001年和2002年连续两年被美国Science杂志评为世界十大科技进展之首,RNAi是近年来生命科学中最引人关注的重大研究进展。诱发RNAi的最关键的分子是长度为19~27个核苷酸的双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA),称为小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA),并由一系列蛋白RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)介导,对与之具有序列同源性的基因在转录、转录后、翻译等水平进行表达调控。而siRNA主要参与转座子活性的抑制及病毒的防御,因此我们可以看出由siRNA介导的基因沉默在病毒感染防御体系中发挥着重要功能。
本文基于对应分析的方法,对基于结构特征寻找出来的候选siRNA在SARS冠状病毒(SARS coronavirus,SARS-CoV)基因组分布的结果进行分析。首先:列举来自GenBank的6个冠状病毒全基因组序列,对SARS-CoV BJ01进行了siRNA的查找,并分析其分布情况,结果表明:对SARS-CoV BJ01进行的候选siRNA,77.50%分布在pplab,即复制酶聚合蛋白上;其次:针对冠状病毒候选siRNA分布在pplab上的个数运用二维列联表,寻找它们之间的相关性;最后:对寻找出来的候选siRNA在二级结构上的分布进行统计分析。
以往人们仅仅只是利用工具寻找出候选siRNA,并没有基于数学与统计的方法对这些候选siRNA在基因组中的分布进行分析,通过对SARS-CoV BJ01基因组中候选siRNA的分析,提示在RNAi的药物设计中,应当引入靶向mRNA的思想。