基于对应分析方法的候选siRNA在SARS冠状病毒基因组中分布的统计分析

来源 :云南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:iamasg_wql
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
RNA干扰(RNA interference,RNAi)是20世纪90年代末发现的一种真核生物细胞在转录后引发基因沉默(gene silencing)的分子机制,该机制的发现在2001年和2002年连续两年被美国Science杂志评为世界十大科技进展之首,RNAi是近年来生命科学中最引人关注的重大研究进展。诱发RNAi的最关键的分子是长度为19~27个核苷酸的双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA),称为小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA),并由一系列蛋白RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)介导,对与之具有序列同源性的基因在转录、转录后、翻译等水平进行表达调控。而siRNA主要参与转座子活性的抑制及病毒的防御,因此我们可以看出由siRNA介导的基因沉默在病毒感染防御体系中发挥着重要功能。   本文基于对应分析的方法,对基于结构特征寻找出来的候选siRNA在SARS冠状病毒(SARS coronavirus,SARS-CoV)基因组分布的结果进行分析。首先:列举来自GenBank的6个冠状病毒全基因组序列,对SARS-CoV BJ01进行了siRNA的查找,并分析其分布情况,结果表明:对SARS-CoV BJ01进行的候选siRNA,77.50%分布在pplab,即复制酶聚合蛋白上;其次:针对冠状病毒候选siRNA分布在pplab上的个数运用二维列联表,寻找它们之间的相关性;最后:对寻找出来的候选siRNA在二级结构上的分布进行统计分析。   以往人们仅仅只是利用工具寻找出候选siRNA,并没有基于数学与统计的方法对这些候选siRNA在基因组中的分布进行分析,通过对SARS-CoV BJ01基因组中候选siRNA的分析,提示在RNAi的药物设计中,应当引入靶向mRNA的思想。
其他文献
构建和谐快乐高效的英语课堂.构建“一一六”教学模式:一节预习课配一节交流展示课,六个教学环节.完成六环节:“明确目标”“合作探究”“展示交流”“点拨提升”“整理内化
本文发现了平面曲线补集的一个新的拓扑不变量,并应用这个不变量构造了12对新的Zariski对,同时计算了它们的具体方程。通过用Degtyarev的方法计算Zariski对里的两条曲线的基本
对中国而言,上世纪五六十年代婴儿潮出生的人口群体逐渐进入老年期,二十一世纪新生儿的出生率也在不断降低,老龄化时代已悄然到来,养老金入不敷出现象越来越明显。本文立足于我国基本国情和相关政策,以利息理论为基础,从理论和实证两方面对随机利率下养老金缺口模型进行研究,具体工作内容如下:首先,将夫妻二人捆绑成一个账户,看成一个整体,共同承担养老金的收入与支出。在固定利率的基础上,采用“平均人”的方法构建了单
模糊逻辑系统的提出对研究复杂的非线性系统有很大突破,它应用模糊数学的思想使难以用数学工具精确描述的难题得以解决,已成功投入到社会的发展中,因此由它形成的模糊控制理论与
本文由三部分组成,研究两类具有非局部效应的时滞扩散捕食-食饵模型的动力学行为,主要考虑平衡态的稳定性和连接2个平衡态的行波解存在问题。  第一章是引言部分,引进了一些基
淮南矿业集团顾北煤矿南翼采区缓冲煤仓为顾北煤矿南翼采区服务,本文对顾北煤矿南翼采区缓冲煤仓的施工组织、施工方法和支护形式做出详细介绍,为类似井下煤仓施工积累了丰富
最近,为了纪念Harary教授,一种新的分子图矩阵-Harary矩阵被提出,基于它的新的图的不变量(局部的和整体的)也被定义和研究,Harary指数就是这些不变量之一,Harary矩阵能推导一种变
本文首次提出了在部分数据非随机缺失的情形下,对一个总体的基尼系数进行估计的问题.通过矩估计和EM算法两种方法,对威布尔模型和圆弧模型分别得到了理论上的结果,并进行了相
在英语口语教学中加强跨文化交际能力的培养,重视文化理解力对英语语言应用能力的影响,积极构建英语文化背景,才能推动英语口语教学目标的全面实现.
本文采用马氏链刻画生物体内循环构象修饰系统.借助钱敏平老师之前卓越而有效的工作,讨论诸如产出速率、激发水平等问题,并且得到比传统ODE方法简洁漂亮的结果。  一方面,我们