党的十八大首次将生态文明建设列入中国特色社会主义建设总体布局，形成经济建设、政治建设、社会建设、文化建设和生态文明建设“五位一体”的总体布局，同时将“深化资源性产品价格和税费改革，建立反映市场供求和资源稀缺程度、体现生态价值和代际补偿的资源有偿使用制度和生态补偿制度”作为加强生态文明制度建设的重要措施之一。生态补偿已成为调节经济活动外部性、保护生态系统结构稳定、提高生态服务功能的重要经济手段。　　自然保护区生态系统服务功能突出、边界明确、法规健全，是生态保护的核心和生态补偿的重点，其生态补偿机制的建立和完善，不但对于其他类型的禁止开发区具有重要的借鉴意义，而且对于国家和各级政府建立和完善生态补偿机制，制定生态建设的政策具有重要的现实意义。　　本文在综述相关研究文献、传承相关研究成果、借鉴国内外生态补偿和自然保护区建设经验的基础上，以云南省56个自然保护区为研究对象，探讨自然保护区生态补偿机制。论文的主要贡献和创新成果包括:　　一是鉴于国内外现有的生态补偿概念偏重于生态学或者经济学的倾向，综合运用生态系统理论、公共物品理论、外部性理论等，进一步完善了生态补偿的概念，提出了生态服务空间流动规律和生态补偿的理论分析框架。　　二是根据《森林生态系统服务功能评价技术规范》，首次对云南省56个国家级和省级自然保护区的森林生态系统服务功能进行了功能评估和价值评估。评估结果表明，纳入评估的自然保护区2010年提供的森林生态服务价值为2009.02亿元，相当于云南省2010年GDP的27.8％，单位面积保护区森林提供的生态服务年平均价值为12.31万元/公顷。还根据云南省森林资源调查成果，首次核算出56个自然保护区以木材价值为基础的机会成本。评估结果表明，纳入评估的自然保护区林木总价值为735.13亿元，单位面积林木平均价值为4.56万元/公顷。根据云南省56个自然保护区生态服务功能价值评估和以木材价值为基础的机会成本核算，首次提出了以生态服务功能价值为最高标准、以木材机会成本为最低标准的云南省自然保护区生态补偿标准，分别为8200元/年亩、3020元/年亩。　　三是分析并总结了云南省自然保护区森林生态服务价值的分布特征。云南省自然保护区森林生态服务价值反映出天然林高于人工林、混交林高于纯林、近成过熟林高于中幼林、密林高于疏林、陡坡高于缓坡、上坡位高于下坡位等特征;单位面积价值较高的区域主要集中在滇西、滇南地区，呈现出西部高，自西北到西南、自西向东逐步降低的空间分布格局。进一步提高云南的森林生态服务功能，应加大原始森林的保护力度，减少人为干扰，促进人工林、纯林向天然林、混交林转变，以提高生态系统稳定性。　　四是根据生态足迹研究成果，提出了基于生态足迹的生态服务税费机制，并提出生态足迹不能作为生态补偿标准的观点，在现有的四个生态补偿原则基础上，进一步提出了生态补偿两条新原则，即:UPP原则（谁使用谁交费）、IGCP原则（谁受伤害谁得赔偿）。　　五是结合云南省自然保护区实际，提出了自然保护区生态补偿应当建立和完善的机制，包括法规、财税、绩效监测、市场、协商、特许经营和野生动物肇事补偿等。