HIV-1蛋白酶(HIV-1 PR)在HIV-1病毒的生命周期中起着重要的作用，根据HIV-1蛋白酶催化反应的特点以及反应中HIV-1 PR的构型特点，设计了一系列抑制剂，可以阻止感染性HIV-1病毒的生成，从而达到治疗AIDS的目的。因此近些年来，HIV-1 PR成为设计抗AIDS药物的靶标，研究其反应机理及其反应过程中各结构的构型特点有重要的医疗价值。　　 目前，实验科学家给出的HIV-1蛋白酶(HIV-1 PR)催化水解酰胺键的机理有四种形式。各机理的争议主要存在于以下几方面：初始结构的天冬氨酸质子状态、C-N键断裂与底物N原子的质子化的先后顺序或是协同；活性中心直接参与反应的残基等方面。为了使反应机理的模拟结果更加准确，我们选用较新的HIV-1 PR-底物络合物的晶体结构，并在此数据基础上，截取了两个大小不同的模型并加以手动修改，以便进行理论研究。　　 本文针对HIV-1 PR四种可能的催化机理，分别用DFT(B3LYP)及PM6方法进行了较精确的理论研究。理论模拟结果表明，HIV-1蛋白酶的催化反应过程包含一个中间体、两个过渡态，从计算模拟的反应过程中各结构的构型和能量数据，可以得出以下结论：　　 (1)初始结构中，Asp25 OD2呈质子状态，Asp25呈阴离子状态；　　 (2)催化水分子对底物肽键的亲核进攻生成中性的偕二醇中间体；　　 (3)N的质子化先于C-N键断裂；　　 (4)整个反应中仅天冬氨酸残基直接参与反应。　　 根据本文HIV-1蛋白酶机理的计算结果，理论上支持GAGB机理。