毒品犯罪因其犯罪主体及犯罪手段的特殊性,并由此造成的诉讼过程中证据收集,审查及认定上的难点,对适用认罪认罚从宽制度有着天然的诉求。然而实践中出现了制度适用率不高,二审率高的现状,有必要从二审案件中反思制度运行的问题。通过对裁判文书网上检索筛选后的334件适用认罪认罚制度的毒品犯罪的上诉和抗诉案件的启动理由、裁判结果以及犯罪嫌疑人等的情况的统计分析,从“认罪”、“认罚”、“从宽”角度总结出毒品犯罪适用该制度案件中被告人三大类上诉的原由,一是对犯罪事实,罪名的异议的不认罪的上诉行为,二是对量刑情节、适用程序及罚金等方面的不认罚的上诉行为,三是针对量刑不平衡等对从宽幅度有异议而提起上诉。同时将毒品犯罪二审案件与整体犯罪二审案件对比分析上诉和抗诉权行使的特点。之后,综合这些特点分析出二审率高的主要的五方面原因:一是毒品犯罪本身的认定难问题,二是毒品犯罪的犯罪嫌疑人多次进入司法程序更加善于利用技术性上诉手段,三是检察机关的量刑建议过于宽泛模糊,四是抗诉权行使的扩张性增强,五是毒品犯罪适用制度的优势不明显。从中反思毒品犯罪在适用认罪认罚从宽制度过程中的问题,包括重刑治毒刑事政策的钳制影响,毒品犯罪在适用制度过程中检察机关对“认罪”的标准把握过宽,以及检察机关在在适用制度过程中未能考虑毒品犯罪的特殊性,以及二审出现的适用制度的羁束力不清的共性问题。最后,针对这些问题,从理顺重刑治毒刑事政策与认罪认罚从宽制度的适用关系、检察机关对把握“认罪”的标准的把握、适用制度过程中从量刑建议的说理和审判过程中严格证明标准两方面体现毒品犯罪的差异性以及厘清适用制度的程序羁束力四个方面提出完善建议。以期完善认罪认罚从宽制度在毒品犯罪案件中的适用,促进制度良性运行,实现效率与正义的统一。