传统城镇化极大的推动了我国二元结构下的城市经济发展，但其结构失衡问题也造成了包括农民工两栖困境在内的一系列问题。新型城镇化提出了以人为本，公平共享的原则，无疑是对传统城镇化所面临的结构失衡问题的及时刹车和转型调整，而农民工市民化无疑是新型城镇化的重要内容。因此，在新型城镇化的大背景下研究农民工市民化问题显然具有突出的现实意义。也正因为如此，农民工市民化问题一直受到学界关注，基于此，本文切换研究视角，以农民工的两栖特性为背景，将目光转向农民工主体的主观看法，探究其市民化的主观意愿和相应的现实困境。　　本文在参考已有研究成果的基础上，运用实地研究的方法，通过访谈和笔者的实地观察与了解，对重庆市城口县的两栖农民工市民化问题进行了研究。文章的逻辑思路在于，将农民工的两栖性作为研究其市民化问题的客观背景，以两栖农民工在市民化过程中的主观困境为重点，结合具体访谈案例，通过定性分析解剖城乡二元结构对两栖农民工市民化造成的两难困境，并以城乡一元观为理论指导，提出了对未来两栖农民工市民化的路径建议。　　研究发现，新型城镇化的推进，为两栖农民工市民化创造了可行性条件，因此大多数两栖农民工市民化的主观意愿强烈，城市对其有着极大的吸引力。然而，两栖农民工仍然受到城乡二元结构的客观影响，其市民化进程受到制度、观念及自身能力的多重阻碍，从而在主观认同、生存状况、权利保障、社会融入度及土地处置上面临着被双重边缘化的两难处境和难以取舍的两难困境。因而，在新型城镇化的背景下，推进两栖农民工的市民化，关键在于以城乡一元观为指导，在破除以户籍制度为依托的城乡二元制度结构的基础上，加强社会对农民工作为城市主人的观念引导，并通过努力提升两栖农民工的人力资本和社会资本，以期最终实现城乡一元发展，为农民工的市民化创造更大的自主选择空间。