紫菜是一种重要的海洋红藻,目前全世界报道的紫菜约有134种。条斑紫菜(P. yezoensis Ueda)是太平洋西部特有的物种,主要分布于中国、日本和朝鲜半岛,为目前最具经济价值的栽培海藻之一。条斑紫菜是潮间带藻类的代表性模式物种,其基因组较小(碱基数目为108数量级),染色体数目少(配子体仅3条染色体),能够在实验室条件下完成生活史,遗传转化系统研究亦取得了初步的进展,这些特性使条斑紫菜成为遗传学、分子生物学和基因组学研究的好材料,具有很高的科学研究价值。近年来,条斑紫菜相关研究进展迅速,取得了一批创新性的成果,国内外学者先后发布了2万余条斑紫菜表达序列标签(ESTs),克隆了一批重要的功能基因,为深入了解条斑紫菜遗传特性提供了条件。EST大规模测序技术和基因表达谱芯片技术,具有高通量快速性的特点,可以同时处理分析大量实验样本,在生物功能基因组研究中发挥了巨大的作用,它们已被广泛应用于组织特异性基因表达谱分析、新基因的克隆以及基因组序列的功能注释等许多研究领域。因此,我们借鉴其它生物成功的经验,利用实验室已建立的条斑紫菜表达基因文库EST进行序列分析,构建条斑紫菜表达谱基因芯片,可以在较短时间内获得较多的条斑紫菜功能基因表达信息,帮助我们获得与重要性状相关的差异表达基因。我们对得到的1465条ESTs进行生物信息学分析,最终确定467个代表单个基因的ESTs制备cDNA表达谱芯片。分别提取配子体和孢子体世代条斑紫菜RNA,在反转录的过程中标记荧光与芯片杂交,经过扫描和背景均一化得到结果。对微阵列扫描结果进行分析,在467个基因点当中,在配子体中表达上调的基因有55个,其中有21个基因与已知功能基因或假定功能基因相匹配;在孢子体中表达上调的基因有86个,其中能与已知功能或假定功能基因相匹配