20世纪70年代末80年代初的农村土地制度改革拉开了农村社会转型的帷幕。转型社会背景下，农业生产方式由集约型转向粗放型，农民取得了独立的市场主体地位，他们作为理性人为了追求经济收益最大化，在农业生产过程中大量使用化肥、农药和农膜等农用化学品，造成了严重的农业面源污染。农业面源污染会导致土壤板结、水体富营养化，影响农产品质量安全，威胁人体健康，破坏生物多样性和生态系统平衡。我国农业面源污染污染源分散，受自然因素影响较大，具有广泛性、复杂性、随机性和难监测性等特点，任何单一的管控手段很难达到理想的管控效果。构建农业面源污染的管控体系，综合采取法律、行政管理、经济激励、技术引导和公众参与等多种管控机制，对遏制和减少农业面源污染具有重要的理论和现实意义。本文首先分析了转型社会农业面源污染产生的一般逻辑，通过对农户化肥和农药使用行为的影响因素分析，探究农业面源污染生成的微观机理。目前，我国农业面源污染管控还存在很多困境，需要在借鉴国外农业面源污染管控经验的基础上，运用政府监管理论，机制设计理论，行为激励理论和公共治理理论，构建一个纵横交错的农业面源污染管控体系是控制农业面源污染的当务之急。运用“无缝隙”管理理论构建纵向管控体系；运用全过程管理理论构建横向管控体系；构建公众参与机制对纵向和横向管控进行监督，实现有效控制农业面源污染的目的。通过上述研究，得出以下结论：（1）农业面源污染是农村社会转型背景下农户理性选择的结果。农村社会转型使农民取得了独立的市场主体地位，他们作为理性人，为了追求经济收益最大化，在农业生产过程中大量使用化肥、农药、农膜等农用化学品，导致了农业面源污染的产生，因此，农业面源污染是农村社会转型背景下农户追求农业收益最大化的必然产物。（2）农户个人特征、农业生产特征、农户环保意识以及市场条件能够影响农户化肥、农药使用行为。农户文化程度、种植年限和农作物价格对化肥、农药的使用具有促进作用，农业技术培训和参加“订单式”农业生产可以促使农户减少化肥、农药用量，参加农民专业合作社，农民环境意识以及对环境法律法规的了解程度对化肥、农药用量没有显著影响。（3）构建一个纵横交错、刚柔相济、全面系统的管控体系是有效控制农业面源污染的必然选择。农业面源污染是农户在农业生产中产生的，对造成严重污染的违法行为，运用“无缝隙”管理理论构建纵向管控体系，通过法律和行政管理措施对其进行管控。纵向管控体现了国家的环境管理职权，管理者和污染者之间是管理与被管理的关系，具有强制性。对正常农业生产中产生的农业污染属于农户的理性行为，既没有触犯法律，也没有违背道德，应运用全过程管理理论，构建横向管控体系。横向管控通过经济激励，技术引导和押金返还措施，对农用化学品的投入、使用和回收进行全过程控制。在横向管控中，管理者和污染者之间是指导和被指导的关系，不具有强制性。首先，通过税收和补贴对农户农用化学品投入行为进行激励和引导；其次，构建农业面源污染技术引导措施，通过测土配方施肥技术、无公害农药技术和可降解农膜技术的推广引导农户科学合理的使用农用化学品；再次，构建押金——返还措施，促进废弃农膜的有效回收，防止其污染环境。此外，构建公众参与机制，对纵向管控和横向管控进行监督。通过确立公民环境权和公众参与的法律保障，建立环境信息公开和知情机制，明确公众环境意愿表达方式，构建公众参与的路径和方式，完善公众参与的组织机构，完善公众参与污染管控的组织机构，加强公众环境意识培训等，切实发挥公众参与的功能和作用，有效克服农业面源污染管控的“市场失灵”和“政府失灵”。