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现代家禽的育种目标之一就是在提高生长速度的同时，有选择的提高肌内脂肪沉积，但在这个过程其他部位如内脏、皮下等脂肪沉积也同时增加。目前对家禽脂肪代谢调节的分子机理，特别是转录调控的研究报道很少。本课题采用比较基因组学和机器数据挖掘的方法研究以 PPAR家族基因为中心的家禽脂肪代谢的转录调控网络。主要内容和结果如下： 1.利用RNA干涉的方法抑制鸭PPARγ基因的表达，研究PPARγ基因对樱桃谷肉鸭脂肪沉积的影响。结果显示构建的3个鸭PPARγ的干涉载体均能有效抑制鸭PPARγ基因的表达，鸭脂肪组织中脂蛋白酯酶(LPL)和脂肪酸结合蛋白(FABP4)的表达量也显著降低。RNA干涉鸭PPARγ基因表达降低了21天和35天肉仔鸭的腹脂重，但血脂和肌内脂肪含量却没有发生明显变化。本研究表明鸭PPARγ基因对鸭脂肪代谢有调控作用，出生15天抑制鸭PPARγ基因表达能减少鸭腹脂沉积。 2.收集鸡公用数据库中的362张基因芯片数据，运用逆向工程和DNA结合位点富集的方法构建PPAR家族中3个转录因子在鸡中潜在的转录调控网络。结果显示鸡PPARs子网络中PPARα和PPARγ主要调控脂肪分解代谢相关的酶，而PPARβ同时调控脂肪分解代谢和合成代谢相关的酶。初生雏鸡的不同组织表达谱结果显示，PPARα和它的子网络相关基因主要在肝组织中高表达，而PPARγ和PPARβ在各组织中的表达量没有明显变化；这个时期在PPARs子网络中参与脂肪酸氧化和糖异生的基因在肝中表达量最高，其次为十二指肠、胸肌和脑组织。 3.目前鸡公用数据库中有208个脂肪相关的QTL数据包含142个腹脂重QTL和66个腹脂率QTL。本研究同时利用ARACNE算法和362张基因芯片寻找鸡脂肪相关QTL中转录因子的调控网络。结果筛选到199个与鸡脂肪相关的转录因子，构建出高低脂肪系脂肪组织和肝组织的转录调控网络。在高低脂肪系肝组织和脂肪组织中分别找到了的18个和57个主要调控因子,其中，ESRRB是10周龄高低脂肪系脂肪组织的重要调控因子，而FOXK2既是高低脂肪系肝组织也是脂肪组织的重要调控因子。通过对转录因子进行深入分析，发现富集到的转录因子涉及到多个不同的生物学过程，包括脂肪和糖代谢调节、机体免疫调节、疾病发生和细胞分化调节等。