随着科技创新的不断发展和新三板的持续扩容,众多科技型企业开始在新三板挂牌经营,逐渐成为我国科技创新的生力军和国民经济的重要组成部分。然而,新三板科技型企业在有着高额研发资金投入需求的同时,也因为自身和市场等方面的原因面临着融资难、融资贵、融资结构不合理、经营绩效低等困境,企业的创新发展受到严重制约。因此,研究新三板科技型企业融资结构对经营绩效的影响,从而合理调整优化融资结构以促进经营绩效的有效提升,对其长远健康发展至关重要。本文在梳理相关研究文献和理论成果的基础上,以136家新三板科技型企业2016-2018年间的数据为样本,运用描述性统计、图表归纳等方法分别对其融资结构和经营绩效的现状进行了分析。并且选取内源融资率、股权融资率和短期借款融资率、长期借款融资率、商业信用融资率作为融资结构指标,利用因子分析法从净资产收益率等十二项衡量经营绩效的指标求得综合得分,作为企业经营绩效的替代值,构建多元线性回归模型,对新三板科技型企业融资结构对经营绩效的影响进行了实证分析。研究表明:(1)新三板科技型企业偏好于股权融资,且融资渠道较为单一;(2)内源融资率与经营绩效显著正相关;(3)股权融资率与经营绩效显著负相关;(4)短期借款融资率、长期借款融资率与经营绩效负相关但不显著;(5)商业信用融资率与经营绩效正相关但不显著。综合研究结论和企业特征,文章提出了六点建议:(1)完善促进科技型中小企业发展的政策法规;(2)加快金融市场服务科技型中小企业的发展步伐;(3)加强互联网金融对科技型中小企业的融资支持;(4)优化融资结构,提升资金利用效率;(5)拓宽融资渠道;(6)构建科学规范的内部管理运营机制。本文从内源融资、股权融资、债务融资的角度探讨新三板科技型企业融资结构对其经营绩效的影响,具有一定的理论价值和现实针对性;提出的加强互联网金融对科技型中小企业的融资支持、完善新三板的转板和退市机制等对策建议对于优化新三板科技型企业融资结构,提高其经营绩效具有现实参考价值。