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松材线虫（Bursaphlenchus xylophilus）是松树萎蔫病的病原物，拟松材线虫（Bursaphelenchus mucronatus）与松材线虫形态极相似，二者形态主要区别在尾部。目前，对于松材线虫与拟松材线虫大量虫株之间的遗传多样，以及拟松材线虫的形态变异、致病性变异等与拟松材线虫的遗传变异之间的关系尚缺乏相关的研究。为此，本文在大量收集不同地理来源的拟松材线虫虫株的基础上，采用ISSR分子标记方法，分析这两种线虫的遗传多样性，从DNA分子水平探讨两种线虫的亲缘关系和遗传变异。揭示松材线虫和拟松材线虫的遗传多样性，以期对拟松材线虫和松材线虫的防控提供理论支撑。主要结果如下：（1）为了对松材线虫和拟松材线虫进行遗传多样性的研究，采用2%CTAB法提取的92株线虫的基因组DNA得率和质量均能达到ISSR扩增反应的要求。（2）从130个引物中筛选出的9条ISSR引物对92个线虫虫株进行扩增，得到393条谱带，其中393条均为多态性谱带，多态位点百分率达100%，其中62个拟松材线虫共扩增出356条谱带，355条为多态性谱带，多态位点百分率为99.72%；30个松材线虫共扩增出240条谱带，其中227条为多态性谱带，多态位点百分率为94.58%。（3）根据ISSR的扩增结果，对92株线虫进行遗传多样性分析，得出遗传聚类图。ISSR分子标记结果表明：筛选出的9条引物能够将松材线虫和拟松材线虫区分开。92个线虫株系的遗传相似系数为0.6183-0.9542。利用POPGENE32软件对两种线虫进行遗传多样性参数分析，拟松材线虫群体的平均等位基因数（Na）为1.8982，有效等位基因数（Ne）为1.2412，期望杂合度（H）为0.1607，Shannon’s多样性指数（I）为0.2685。松材线虫群体的平均等位基因数（Na）为1.5751，有效等位基因数（Ne）为1.1638，期望杂合度（H）为0.1063，Shannon’s多样性指数（I）为0.1761，拟松材线虫的遗传多样性高于松材线虫。（4）ISSR研究结果表明：松材线虫和拟松材线虫在地理距离和遗传距离之间没有必然的联系。福建省和安徽省虽然地理距离相隔较远，但是虫株间的亲缘关系较近。江苏省内的松材线虫相似度较高，湖北省部分松材线虫遗传相似性极高。其他浙江省、山东省、重庆市、江西、湖南省、广东省松材线虫虫株遗传变异较大。收集的拟松材线虫也对各个地理来源的虫株进行了遗传距离的分析，部分中国拟松材线虫和国外的拟松材线虫遗传距离较近。安徽省内、重庆市内的拟松材线虫虫株遗传相似度较高，其他几省省内的拟松材线虫虫株遗传变异较大；部分中国拟松材线虫和国外的拟松材线虫遗传距离较近，美国的拟松材线虫与其他国外拟松材线虫遗传距离较远，日本和韩国的拟松材线虫亲缘关系较近。根据以上研究，对松材线虫和拟松材线虫可能的分布动态进行了初步分析。