2018年以来,党中央、国务院印发全面实施预算绩效管理的意见,新《中华人民共和国预算法》修改预算管理相关内容,财政部印发执行新政府会计制度,与新形势、新任务相适应的预算管理及其绩效评价体系呼之欲出。从现有的研究情况看,科研单位预算管理绩效评价是一个复杂的系统工程,其特点可简单概括为“两长一短”:一是科研单位作为一类法人,存在时间较长,在管理体制、职责关系、税费制度等方面历史遗留问题较多,评价指标维度相对狭窄,为预算管理绩效评价带来较多的不确定性因素;二是科研单位机构数量、资产总量过于庞大,改革工作持续时间过长,综合效益显现较慢,难以为预算管理绩效评价创造理想的环境和条件;三是与科研单位改革发展配套的财务管理、预算管理政策出台时间较短,尚未形成充分的制度约束力和引导力,一定程度上影响了预算管理绩效评价的效果。本文首先以JT科研单位为例,基于新政府会计制度,依据新公共管理理论、委托代理理论等,分析了 JT科研单位预算管理的现状,以及存在的普遍性和个别性问题;其次,采用德尔菲法和层次分析法构建了基于新政府会计制度的预算管理绩效评价体系;再次,分析新政府会计制度下预算管理绩效评价体系的特点,结合JT科研单位2017-2019年预算数据,评价分析预算管理情况;最后,根据评价的结论提出了相关对策和建议。本文通过研究得出如下结论:(1)JT科研单位预算管理及其绩效评价水平逐年提升,且水平的提升是全面、客观、清晰、稳定的;(2)新政府会计制度执行,对JT科研单位预算管理产生积极影响,提升了资产管理水平、完善了财务核算和管理职权、提高了财务信息的及时性和真实性;(3)预算管理绩效评价体系有效果导向性,绩效效果相对重要,但绩效效果的实现,有赖于预算目标设定的恰当性以及执行目标、检查纠偏等过程控制。因此,单位和部门要实现预算管理水平的整体提升,还需在预算管理的实际工作中均衡控制和实现好各项指标。