盾纤亚纲隶属于纤毛门寡膜纲，为一大类广泛分布于各种水体，尤其是富营养的养殖水体的单细胞原生动物。因其形体微小，种类间形态结构相似，而成为分类和系统学研究中极为混乱的类群之一。本研究选用了随机扩增多态性DNA(RAPD)、限制性酶切多样性(RFLP)和核糖体不同基因测序分析，研究了盾纤类纤毛虫相近种、种群间区分及这一亚纲下诸多分类阶元间的系统发生关系，同时对于不同分子标记方法和不同分析方法在纤毛虫分类和系统学研究中的应用做了较为详尽的探讨。 利用RAPD及RAPD／RFLP方法分析了盾纤类种群间、形近种间，相近属及较远属和属上阶元之遗传距离，结果表明RAPD方法在种下、种间的区分及其遗传距离揭示中有良好的应用；而RFLP酶切图谱具有种特异性，可用于形近种区分和遗传关系分析。 本研究首次完成了9种10个种群盾纤类纤毛虫之小亚基单位核糖体RNA(SSrRNA)基因全序列的测定，占这一在分子生物学研究较少的门类中迄今超过半数的序列数；同时测定了8种9个种群的核糖体5.8SRNA基因序列及转录间隔区ITS1和ITS2序列。根据上述4个不同序列分析，采用距离法(LS，NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)分析了盾纤亚纲纤毛虫的系统发生。本工作分析在分子水平上确认了： 1．盾纤亚纲为一单元发生系，在寡膜纲中，与膜口亚纲有着较近的进化关系。 2．盾纤亚纲内嗜污目(根据Lynn&Small 1997)为一单元发生系，帆口目种类与之分开。 3．尾丝虫属和拟尾丝虫属均非单元发生系，其种类在系统中形成与形态学不同的进化关系。 4．形态相近的拟阿脑虫属、异阿脑虫属和后阿脑虫属确有较近的系统关系。 5．Corliss(1979)系统中关于康纤虫科和嗜污科划分不成立。 6．庞氏类右毛虫为盾纤亚纲内一“边缘”种类，疑为与膜口亚纲的中间种。 通过比较不同基因构建的系统树，认为5.8S基因不适合纲内较低等阶元系统关系的构建，而ITS1和ITS2则可用于盾纤亚纲内低等阶元区分和系统关系推断。但就序列长度所包含的信息量和保守性考虑，SSrRNA序列在系统分析中的准确性最为可靠。