巴西橡胶树热研7-33-97六条染色体文库的构建及序列分析

来源 :海南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:leki55
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)是重要的产胶植物,具有寿命长、产量高及采胶容易等优点。目前,分子标记广泛应用于橡胶树遗传图谱的构建、品种鉴定、辅助育种和遗传多样性分析中,但构建的遗传图谱不多,存在着连锁不稳定、丰度小、分布不均等缺点。巴西橡胶树热研7-33-97、RRIM600和BPM24三个橡胶树品种已完成全基因组测序,但只组装到Scaffold水平,未达到染色体水平。本研究采用微细玻璃针法,从巴西橡胶树单染色体着手,构建单染色体微克隆文库,并对文库的部分序列进行比对、基因注释等分析,旨在为橡胶树基因组研究提供新的辅助方法,为橡胶树分子辅肋育种提供依据。(1)以巴西橡胶树热研7-33-97古铜期幼叶为材料,对酶解去壁低渗法进行改良,结果发现:在37℃下,采用磷酸盐缓冲液(NaH2PO4·2H20,29.18 g/L;Na2HPO4·12H2O,4.66 g/L;NaCl,8g/L;pH=5.5)作为溶剂,配制终浓度为 5%纤维素酶、4%果胶酶混合液时,酿解时间为1.0~1.5h。(2)采用玻璃针显微分离法成功的获得了 7条单染色体,经LA-PCR扩增、Southern杂交、FISH杂交验证并结合核型分析确定了其中六条染色体的来源,分别为热研7-33-97的第1、2、3、5、13及16号染色体。(3)构建了热研7-33-97第1、2、3、5、13及16号染色体的微克隆文库,分别获得了 2.9×105个、3.0×105个、4.1×105个、3.1×105个、3.2×105个、3.2×105个克隆子,插入片段范围为200~1100bp、300~1000bp、200~1000bp、200~1000bp、250~1000bp、250~1000bp,平均插入片段约为 398bp、396bp、451bp、455bp、447bp、493bp,文库的覆盖率约为1.0倍、1.2倍、1.9倍、1.5倍、1.9倍、2.6倍,空载率分别为 2%、2%、1%、3%、2%、3%。(4)随机获得了热研7-33-97的第1、2、3、5、13、16号染色体文库中的部分阳性克隆子测序序列,分别为172、166、114、106、83、89条,将测序结果与NCBI上热研7-33-97全基因组数据库(GCA001654055.1)、RRIM600全基因组数据库(GCA001907995.1)、EST数据库进行在线同源比对及基因功能分析,其中与热研7-33-97全基因组数据库(GCA001654055.1)有高同源性的为23、45、45、53、25、28条,与橡胶树EST文库同源性大于90%的为18、50、29、34、42、20条,经功能分析后多数与橡胶树耐割性、抗寒性、死皮病、耐盐性及胶乳形成相关。(5)利用Blast2GO软件在线将这六条染色体中与橡胶树的全基因组数据库高同源的28条序列进行基因功能注释,其中15条序列得到了 GO术语注释结果,共得到50个GO ID,包括生物学途径18个、细胞组分14个和分子功能18个,而且在生物学途径中主要参与细胞过程、代谢过程、单有机体过程、生物体调控、生物合成过程等方面;在分子功能方面,主要参与催化活性、运输活性和转移酶活性等;在细胞组件方面主要参与细胞组分、细胞、细胞器的组成。对经过GO注释后的序列进行Enzyme Code和KEGG代谢途径分析,发现,在第1、2号染色体文库中,L-1Chr-57、L-1Chr-79、L-2Chr-169三个序列获得了酶注释,注释分别为多肽酶、核糖核酸聚合酶、半乳糖苷酶,酶ID分别为3.4.23、2.7.7.49、3.2.1.23,但均未获得代谢途径。
其他文献
精准扶贫是国家重要战略举措,包括产业脱贫、就业脱贫、易地搬迁脱贫,生态保护脱贫、教育扶贫脱贫、低保政策兜底脱贫等多个方面。打好扶贫开发攻坚战,需要社会各方力量的参
口腔溃疡为临床常见病,在人群中的患病率可高达20%。不论何种年龄阶段、何处地区的人群皆可患病。常迁延难愈,严重影响患者的生活质量。现有治疗方式虽多,仍缺乏有效的治愈手
汶南煤矿根据西部采区水文地质条件的特点,充分利用西部老采空区及其良好的隔离条件,构筑水闸墙对采空区进行隔离,建立缓冲仓,对西部老空水进行调控防治。利用TFINE弹塑性有限元
介绍了防突型、减风型和防突、减风复合型3种主要煤层合理预抽期的确定模型,并对鹤壁矿区二矿煤层瓦斯合理预抽期进行了评价。
随着信息时代的到来,国家越来越重视青少年信息技术的培养,其中NOIP即全国青少年信息学奥林匹克联赛,目前已成为了中学生参加的热门竞赛之一。但NOIP竞赛存在知识点多,算法复
火力发电是我国主要的电力生产方式,火电厂的安全运行需要员工对各项操作熟练掌握。电厂"两票"作为操作准确的重要保证,要求员工熟练使用。针对电厂当前"两票"练习系统只能检索特
通过工作面压架前后长观测孔的水位变化和工作面的涌水情况,结合工作面的矿压观测结果,认定采动裂隙已波及到第四松散承压含水层,在较高的水压下使四含水通过采动裂隙流入回
国务委员王勇近日出席中央企业深入实施创新驱动发展战略、全国大众创业万众创新活动周相关活动,他强调,广大中央企业要深入学习贯彻习近平总书记系列重要讲话精神和治国理政
在被捕的岁月里,邓恩铭一直组织狱中共产党员和难友们学习,提高战斗勇气,与敌人进行不屈不挠的斗争。
大学生心理健康教育问题一直以来都是社会各界关注的热点,高职院校学生作为我国高等教育体系中特殊又相对弱势的群体,其心理健康问题也越来越引起心理健康教育工作者的重视。