随着生物技术的发展,胚胎干细胞体系的建立、核移植等技术,推动了体外受精和孤雌生殖技术的发展,它们不仅是胚胎早期发育研究的重要辅助技术,而且在畜牧生产、家畜遗传育种、遗传学和医学领域等都具有重要的作用。但是长期以来,胚胎发育率低,胚胎质量差等都是制约该技术发展的主要问题。目前有很多通过芯片技术和二代测序技术对早期胚胎转录组的研究,但对孤雌激活胚胎和体外受精胚胎的研究还较少,而且对不同类别胚胎间的差异进行系统分析的也很少。另外,传统的转录组测序研究一般需要上百万的细胞量,这对胚胎细胞这类细胞量较少的研究受到限制。在本实验中,选取了胚胎早期发育的几个代表性阶段,采用多重置换扩增技术对数个小鼠植入前不同类型胚胎细胞(体内、体外受精及孤雌激活的2细胞、8细胞、囊胚时期的胚胎细胞)及第二次减数分裂中期的卵母细胞转录组进行扩增,并利用Illumina Hiseq 3000高通量测序系统对胚胎细胞的全转录组进行测序,根据测序结果来分析体外受精和孤雌激活与正常发育的胚胎细胞间的基因表达差异,以期为体内外植入前胚胎细胞的基因表达调控机制提供理论基础。得到的结果主要有:(1)使用微量建库方法对获得的样本构建文库,采用Hiseq 3000测序仪对测序文库进行测序,然后对所得到的读段数进行统计和质量评估,高通量测序结果表明数据质量合格,符合质量需求。(2)相关性分析表明,体内受精的2、8、囊胚细胞分别与孤雌激活2细胞、体外受精8细胞、体外受精囊胚最接近,皮尔森相关系数分别为0.4、0.524和0.587 (P<0.01 ),体内受精的2细胞和孤雌激活的2细胞最接近,其次是体外受精的2细胞,相关系数为0.358 (P<0.01)。对于成熟的第二次减数分裂中期的卵母细胞,最接近的是孤雌激活2细胞期的胚胎细胞,相关系数为0.548(P<0.01 )。(3)差异表达基因分析发现,体外受精2、8、囊胚细胞分别与体内受精的2、8、囊胚细胞相比基因表达差异显著的分别有5118、3216、4147个;孤雌激活的2、8、囊胚细胞分别与体内受精的2、8、囊胚细胞相比基因表达差异显著的分别有5101、3672、4050个;体外受精2细胞、孤雌激活2细胞分别与MⅡ相比有5924和5287个差异表达的基因。(4) GO分析发现,显著富集的GO项目有细胞代谢过程、蛋白代谢、翻译等,KEGG富集分析,各比较组的差异基因主要分布在RNA转运,细胞周期以及相关代谢通路等,和胚胎细胞发育相关的通路如TGF-β、Wnt、PI3k-Akt通路。