第一部分:碰撞诱导解离和高能碰撞解离方式进行蛋白质组学分析的比较,第二部分:新疆维吾尔族与汉族IgA肾病的尿液差异蛋白质组学分析

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hydhdhfdhsdh
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研究背景与目的:比较碰撞诱导解离(collision induced dissociation, CID)和高能碰撞解离(high energy collision dissociation, HCD)两种离子裂解方式在蛋白质组学分析方面的差异。研究方法:以牛血清白蛋白和细胞裂解物为研究对象,分别应用碰撞诱导解离(CID)和高能碰撞解离(HCD)两种离子裂解方式对样品进行分析,比较所鉴定到的多肽和蛋白数目,确定两种离子裂解方式在蛋白质组学分析方面的差异。研究结果:在简单样品牛血清白蛋白中,HCD碎裂方式所得的谱图匹配率和多肽Mascot得分较高,表明其质谱图质量较高。在复杂样品细胞裂解物中,CID碎裂方式鉴定到的谱图数、多肽数和蛋白数目较多,表明该方式灵敏度较高;HCD碎裂方式所得质谱图匹配率较高、Mascot得分较高,表明其质谱图质量较好。研究结论:这两种方式均可用于大规模蛋白质组学分析,CID方式可以提供更高的灵敏度,HCD方式可以获得更高质量的质谱谱图。研究目的:研究新疆维吾尔族与汉族IgA肾病患者的尿液差异表达蛋白。研究方法:提取维吾尔族IgA肾病组、维吾尔族健康对照组、汉族IgA肾病组以及汉族健康对照组尿液蛋白质,iTRAQ定量标记后进行2DLC-MS/MS分析。利用scaffold软件对MS/MS肽段进行分析,在Swissprot数据库中搜寻蛋白并定量。差异表达蛋白界值fold change≥2且P<0.05认为二者之间存在显著差异表达。研究结果:总共鉴定出842种蛋白。维吾尔族IgA肾病与维吾尔族健康对照比较,224个蛋白质有显著差异表达(168个蛋白上调,56个蛋白下调);汉族IgA肾病与汉族健康对照比较,96个蛋白质有显著差异表达(74个蛋白上调,22个蛋白下调)。在这些差异表达的蛋白中,维吾尔族与汉族共同鉴定到的蛋白共有45个。维吾尔族和汉族IgA肾病组均有免疫系统的激活,并且存在脂肪酸代谢异常,细胞外基质相关蛋白显著增多,而结合蛋白和细胞内相关蛋白显著减少。维吾尔族IgA肾病差异蛋白集中于细胞存活和细胞活力,凝血系统、补体系统的激活;而汉族IgA肾病差异蛋白多为细胞迁移和细胞运动功能、催化活性和多细胞有机体过程相关蛋白。并用Western Blot方法对ADIPOQ、SERPINC1、ICAM-1、TGFBR1和TIMP-1五个蛋白进行了验证。研究结论:尿液中差异蛋白的表达情况可以反映IgA肾病状态下的病理生理变化,为明确IgA肾病的病理机制奠定了基础,同时也为其无创诊断提供参考依据,具有重要临床意义。
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