丝瓜基因组SSR分子标记开发及高分辨率熔解曲线鉴定丝瓜基因型

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丝瓜(Luffa cylindrica(L.)Roem.)是葫芦科一年生攀援藤本植物,它同时也是重要的蔬菜作物。虽然在丝瓜种质资源以及育种方面的研究已有一定深度,但是丝瓜基因组层面的研究还处在初级阶段,匮乏的基因组信息已经严重制约了丝瓜分子育种工作的发展。本文选用自交系丝瓜品种‘浙大23号’作为试验材料,首次对丝瓜的基因组进行了测序和研究,开发了一批丝瓜的基因组SSR分子标记,并且结合高分辨率熔解曲线鉴定了丝瓜基因型,并取得以下结果:1.基于丝瓜基因组SSR的分子标记开发丝瓜基因组测序得到43.40Gb序列数据,总测序深度约为54.94í,Q20比例达到96.77%以上,Q30比例达到91.56%以上。估计丝瓜基因组大小约789.97 Mb,杂合率约0.24%,重复序列含量约71.37%。估计基因组的GC含量约37.90%。从测序得到的丝瓜基因组序列中鉴定出125094个SSR位点(不包括单核苷酸重复类型),其中二核苷酸重复单元为主要类型,占62.88%,三核苷酸重复单元31.03%,四核苷酸重复单元4.59%,五核苷酸重复单元和六核苷酸重复单元分别占0.96%和0.54%。选取80个SSR位点进行基因组SSR分子标记的开发。经鉴定,共74对丝瓜基因组SSR分子标记可被特异性扩增,其中51对基因组SSR分子标记也可用于有棱丝瓜(Luffa acutangula(L.)Roxb.)的基因型鉴定。2.高分辨率熔解曲线SSR(SSR-HRM)鉴定丝瓜基因型SSR-HRM鉴定丝瓜基因型采用上述51对SSR引物中的19对作为SSR分子标记,分析了28份丝瓜材料及4份有棱丝瓜材料的亲缘关系。采用UPGMA对以上32份材料进行聚类分析,结果表明,28份丝瓜材料和4份有棱丝瓜材料分别被聚类为两个组,遗传距离系数为0.11-0.86,其中具有相似瓜型的丝瓜材料,亲缘关系较近。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法和测序法对SSR-HRM鉴定丝瓜基因型的可靠性和高效性进行了验证。对比“ZJULM50”分子标记的三种试验结果得出以下结论:SSR-HRM与聚丙烯酰胺凝胶电泳法相比,操作简单、污染较小、且准确度高;与测序法相比,试验结果相近,但SSR-HRM具有快速、高通量、成本低等优点。因此,该方法具有很强的实用性,是当前聚丙烯酰胺凝胶电泳法和测序法的理想替代方法。
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