本文是运用跨学科研究的方法考察政府治理问题的一个尝试，冀望通过对经济、政治和生物学的研究范式和方法的“打通”，获得对政府治理的新颖、深入的理解。本文主要综合经济学中制度变迁理论（包括演化经济学、新制度经济学）与政治学中治理理论（包括新公共管理、多中心治道等）的研究范式，并借鉴生物学的种群和生物群落的分析模型，构建了政府治理的共生演化分析框架，按照该分析框架系统组织和分析了政府治理的相关问题，包括:政府治理的理想目标（对称性互惠共生）、政府治理制度变迁的环境影响（主要探讨了配套经济制度变迁、技术进步）以及政府治理优化的逼近条件（政府信用、基于分工的政府共生模式和政府的系统开放），对每个问题的阐述都严格遵循从一般性理论分析到实证研究的顺序，将理论推论用于解释中国转型期的政府治理制度变迁，以中国改革的“特征性事实”作为该分析框架的实证检验。本文认为，在特定的政府治理环境约束下，可以通过改善一国政府治理优化的逼近条件来改善其政府治理结构，达到“善治”的境界。　　本文的第一章引言介绍论文的研究背景、相关的研究工作综述、本论文内容、结构和论文的创新之处。第二章是政府治理问题渊源的经济理论分析，即政府治理的本质是什么，回答为什么有政府治理的问题。从复合准租金、现代政府的基本特征、不完全理性和不完全信息假设以及存在交易成本的真实世界这四个方面出发，分析探讨政府治理问题产生的根源。第三章介绍政府治理研究的基本范畴与理路，即给出政府治理的基本概念和分析思路，理清政府治理涉及的方方面面的基本脉络。主要介绍和界定从政府到政府治理工具的一系列概念，并给出本文的政府治理概念。第四章给出政府治理的共生演化研究框架，这是本论文研究的理论核心，后面进一步的深化分析和实证研究都遵照本章的原理和逻辑。第四章首先简要阐述本文研究政府治理采用演化经济学范式的理由，然后介绍共生演化的基本概念以及这些概念作为研究政府问题隐喻的意义。定义共生的三要素、共生分类、共生条件和行为模式，以及共生系统的基本原理，并明确以对称性互惠共生的政府治理模式作为政府治理优化的目标。分析了政府治理优化的均衡条件和稳定条件以及影响政府治理优化的外部因素。最后，运用前述概念构造了政府治理共生演化的基本数学模型。第五章是对政府治理研究的展开，考察政府治理制度创新与外部环境因素（舍象自然子集和文化子集而集中分析了经济子集）的互动关系，其中经济子集从配套制度的变迁与技术进步两个层面考察。第六章分析政府治理共生系统内部诸共生单元之间的相互关系。第七章结合互惠共生模式的特点，分析了政府治理优化的核心问题——政府信用。第八章考察了政府系统开放对于政府治理优化的含义。第五章到第八章是运用前述的政府治理的共生演化研究框架，具体分析实践中的政府治理，尤其是处于转轨中的中国政府治理问题。采用抽丝剥茧的分析次序，由政府共生系统的环境到系统内的共生单元，再到共生单元的主导单元——政府的制度安排。