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罗非鱼是世界最重要的养殖经济鱼类之一,作为重要的动物性蛋白质来源,得到了联合国粮农组织的大力推荐。中国水产科学研究院淡水渔业研究中心2009年从马来西亚引进了红罗非鱼,并进行了驯化、扩繁和选育。靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)分子标记由于其具有简单、多态性丰富、重复性好、易测序等优点得到了分子育种研究者的重视。它是利用已知的EST或者cDNA序列信息和生物信息工具来设计固定引物,偏向产生紧密连锁目标区域的多态性标记。已经用于植物的遗传多样性分析、种质资源分析、重要生长性状相关标记筛选、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等。该研究将使用TRAP标记分析红罗非鱼遗传结构以及筛选生长性状相关的分子标记。首先,该研究对红罗非鱼测量的基本形态性状进行了初步分析,同时计算出体重、体长、体厚、体高、尾柄长之间的相关系数以及形态性状对体重的通径分析,获得测量的形态性状对体重的决定系数、决定程度。并把三个测得的形态性状指标作为自变量,体重作为因变量建立了多元回归方程：Y=-474.877+1.813Χ1+5.874Χ2+2.709Χ3, Y、X1、X2、X3分别表示体重(g)、体长(mm)、体厚(mm)、体高(mm)。其次,为了获得稳定性好、重复性强的罗非鱼TRAP反应体系,本首次综合运用L16(45)正交和单因素方法优化罗非鱼TRAP反应体系。两种分析方法结果中dNTPs浓度、随机引物浓度、DNA浓度相同而Mg2+浓度和Taq聚合酶浓度不同,不同因素间存在一定的交互作用。正交设计法比单因素法更简单、科学、合理。本实验获得罗非鱼15μLTRAP最优反应体系：DNA模板浓度为60ng、Mg2+浓度为1.5mmol/L、dNTPs浓度为0.3mmol/L、Taq聚合酶0.5U、随机引物浓度为7pmol/L.固定引物浓度为10pmol/L。扩增程序为：94℃2min；94℃45s,38℃45s,72℃lmin,5个循环；94℃45s,53℃45s,72℃lmin,35个循环；72℃延伸8min。该反应体系在4个罗非鱼群体中验证,并用10对多态性好的TRAP标记分析吉富罗非鱼的遗传多样性,表现出良好的稳定性和重复性。该反应体系的建立为TRAP标记应用于罗非鱼遗传多样性评价、种质鉴定、分子标记辅助育种等研究提供了新的手段。再者,为了获得与红罗非鱼生长性状相关的TRAP分子标记,该研究使用最后优化后的反应体系,采用15对多态性好的TRAP标记分析同池的红罗非鱼的遗传多样性,并运用t检验筛选生长性状(体重、体高、尾柄长)相关的分子标记。结果表明,15对TRAP引物扩增出251个位点,多态性位点216个,平均多态性位点比例为86%。该研究群体PIC平均值为0.21,Shannon信息指数平均为0.466,Nei’s遗传多样指数平均为0.316,表明该群体遗传多样性丰富。初步筛选出TRAP位点ghl-Trap1380005与体重和体高呈极显著相关(P<0.01),ghl-Em110与尾柄长和体重呈极显著相关。红罗非鱼通径分析结果和获得生长相关分子标记可以结合,为红罗非鱼的辅助选择育种提供参考。