基于二代测序技术筛选宫颈鳞癌放疗敏感性相关基因

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dswwldsw
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目的:利用二代测序技术对宫颈鳞癌肿瘤热点基因全外显子测序,研究不同个体的基因水平上的差异,寻找放疗敏感性相关基因。方法:收大连医科大学附属二院肿瘤放疗科行根治性放疗的宫颈鳞癌患者共计45例,ⅡB期患者20例,ⅢB期患者25例。所有患者治疗前均提取血清cf-DNA进行Qu-bit 2.0荧光定量记录数值,并同步测定血清鳞状细胞抗原(SCCA)值;行盆腔增强CT或增强MRI测量宫颈肿物大小。全部患者均进行直线加速器6MV-X线容积旋转调强放疗(VMAT),5周内给予盆腔外照射计划靶区PTV剂量4500cGy/25f,完成体外照射后,采用192Ir为放射源行三维后装腔内放疗,“A”点剂量3000cGy/5f。整个疗程“A”点照射剂量为75 Gy,同步顺铂化疗增敏(DDP30 mg/m2,每周一次)。所有患者放疗结束后1个月均再次行盆腔增强CT或增强MRI检查,测量宫颈肿物大小,评估放疗疗效。根据世界卫生组织实体瘤疗效评价标准,将患者分为放疗敏感组与抵抗组。分析血清cf-DNA浓度、SCCA值与临床分期及放疗疗效的相关性。在两组中,选取相同临床分期及分化程度的患者,以患者血清cf-DNA超低浓度PCR建立文库,自身血液中白细胞(WBC)作为对照建立文库,通过二代测序(Next-generation sequencing,NGS),测序平台Hiseq X-TEN Illumina,测序策略PE150,靶向48个肿瘤热点基因全外显子测序,采用Linux系统处理数据,筛选与放疗敏感性相关基因。结果:45例宫颈鳞癌患者中,35例(77.8%)疗效达到PR为放疗敏感组。其中ⅡB期患者共15例,高分化鳞癌患者2例,中分化鳞癌患者6例,低分化鳞癌患者7例;ⅢB期患者20例,高分化鳞癌患者5例,中分化鳞癌患者11例,低分化鳞癌患者4例。45例宫颈鳞癌患者中10例(22.2%)疗效未达PR为放疗抵抗组。其中ⅡB期5例,高分化鳞癌患者3例,中分化鳞癌患者1例,低分化鳞癌患者1例。Ⅲb期患者5例,高分化鳞癌患者2例,中分化鳞癌患者1例,低分化鳞癌患者2例。确诊时宫颈鳞癌Ⅲb期患者scca值高于Ⅱb期患者患者,宫颈鳞癌临床分期越晚,血清scca值越高。scca与临床分期相关(r=0.785,p=0.011)。宫颈鳞癌Ⅲb期患者放疗前血清cf-dna浓度高于Ⅱb期患者,宫颈鳞癌临床分期越晚,血清cf-dna浓度越高,血清cf-dna与临床分期相关(r=0.987,p=0.002)。宫颈鳞癌患者放疗抵抗组患者scca值高于放疗敏感组患者,scca与放疗疗效相关(r=0.732,p=0.014)。宫颈鳞癌放疗抵抗组患者放疗前血清cf-dna浓度高于放疗敏感组患者,血清cf-dna浓度与放疗疗效相关(r=0.943,p=0.007)。选取6位宫颈低分化鳞状细胞癌Ⅲb期的患者,4位患者为放疗敏感组,2位患者为放疗抵抗组。ngs结果表明,血清cf-dna测序深度均达到10000x,白细胞2000x。4位放疗敏感组患者,检测到abl1,jak,notch1,csf1r,flt3等基因突变,未检测到相同的基因突变位点。2位放疗抵抗组患者均检测到rb1基因ch1349051481位点由t突变到a的突变比例为18.81%;apc基因,ch5112162854位点由t突变到c突变的比例为17.92%;alk基因ch229940529位点由a突变到t的突变比例为11.09%;notch1基因ch9139400388由g突变为c的突变比例为16.06%;npm1基因ch5170819887位点由g突变到a是突变比例为18.67%;kdr基因ch455968016位点由t突变为a的突变比例为13.76%;tp53基因ch177577427位点由g突变为a的突变比例为13.76%;hnf1a基因ch12121437221位点由t突变为c,ch12121431300位点由c突变为t的突变比例分别为21.71%和24.79%。1例宫颈鳞癌低分化Ⅲb期放疗敏感组患者ngs结果中,检测到alk,notch1,tp53,hnf1a,apc等基因突变,与两位放疗抵抗组的患者存在交叉的基因突变。该患者结束治疗后9个月复查肺部ct发现肺部转移,提示alk,notch1,tp53,hnf1a,apc基因突变可能与宫颈鳞癌患者预后不良相关。结论:宫颈鳞癌患者临床分期越晚,血清scca值及cf-dna浓度越高;scca值及cf-dna浓度与临床分期相关,cf-dna浓度可能是一种有潜力的肿瘤标记物。血清scca值及cf-dna浓度越高,宫颈鳞癌患者放疗越不敏感,scca值及cf-dna浓度与宫颈鳞癌放疗疗效相关,cf-dna浓度可能预测晚期宫颈鳞癌患者的放疗疗效。晚期宫颈鳞癌患者存在RB1基因,APC基因,ALK基因,NOTCH1基因,NPM1基因,KDR基因,TP53基因,HNF1A基因的点突变,可能与宫颈鳞癌的放疗抵抗及预后不良相关。NGS技术用于检测宫颈鳞癌放疗敏感性相关基因检测,具有高通量,高灵敏度,低成本等优势,有望在宫颈鳞癌精准治疗中得到应用。
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