《审计署关于2015年地方审计机关开展审计业务工作的指导意见》中指出:要深入开展民生审计,关注农村、农民和农业发展的问题,大力发展教育事业和医疗健康事业,确保各项民生资金和优惠政策真正落到实处,为百姓带来更多的利益。“三农”问题是国家稳定和社会发展的重要问题,国家一直以来在农业领域投入了大量的资金,为解决“三农”问题打下了良好的基础。农业专项资金是我国政府下拨的用于农业与农村经济发展的专项支出,它对于我国农业发展的重要性是不言而喻的。因此在“十九大”后对政府审计提出更高要求的同时,对农业专项资金审计的研究具有十分重要的意义。本文首先采用文献分析法,通过对国内外关于农业专项资金审计的研究现状进行述评,明确研究思路及方法。然后采用理论研究法,结合审计免疫系统理论、国家治理理论和审计全覆盖理论,阐述农业专项资金审计的理论基础。其次采用案例分析法,以F县农业专项资金审计为例进行深入分析,可以发现我国在农业专项资金审计上还有众多的不足。为了解决这些问题,本文提出了一些可行性的建议,帮助完善农业专项资金审计。最后提出一些启发性的思考,并加以推广,从而提升政府审计的价值。通过本文研究发现,我国农业专项资金审计仍存在诸多问题,如未落实审计全覆盖、审计方式落后、审计处理时效性差、农业专项资金绩效审计开展不足等。这些问题不利于农业专项资金审计工作的开展,因而不能取得较好的效果,更不能真正保障广大农民的根本利益。结合当前我国农业专项资金审计的现状及存在的相关问题,本文认为应巧用大数据审计,实现审计全覆盖;创新审计方式,实现审计目标;健全完善政府审计法律法规,提高审计处理时效性;强化农业专项资金绩效审计体系建设;持续深化政府审计体制改革,充分贯彻落实中央审计委员会的指示,圆满实现政府审计的目标。