为应对世界新军事变革，确保国家安全和统一，国家正在积极推进中国特色军事变革，发展现代化武器装备，国防科技工业系统面临着前所未有的机遇和挑战。作为培养国防科技高层次后备人才的主要基地和集聚国防科技高层次人才的重要高地，军工高校担当着为国防科技工业输送人才的重要任务，办学质量至关重要。而办学水平的提高关键在于教师的能力和素质，关键在于军工高校主管部门如何建立健全人才激励和保障的长效机制，吸纳、维系一流人才、紧缺人才和特需人才，建立一支高水平的教师队伍，为军工行业培养一流的人才。作为吸引人才的重要手段和措施，深化收入分配制度改革将更加突显出重要的激励和导向作用。　　 2006年7月，国家对事业单位工作人员收入分配制度进行了新一轮的改革，其中一大亮点就是绩效工资的实施，但由于国家尚未出台具体的绩效工资总量核定办法，目前高校绩效工资总额核定办法仍沿用计划经济时期工资总额的核定办法，即按人员编制核定的方法，普遍存在激励性、科学性、引导性不足等缺陷，导致高校短期行为，冗员集聚、整体竞争力不强，与高等教育发展的总体目标和实施人才强国和人才强校战略的要求还存在很大的差距，绩效工资总量控制对高校的行为牵引和绩效改进的功能性作用没有得到充分发挥。　　 鉴于绩效工资总额核定存在的问题，本文在借鉴国内外研究成果的同时，综合运用薪酬理论、激励理论、战略管理、人力资源管理等相关理论，在分析高校发展战略、高校组织特性和高校教师职业需求的基础上，对基于战略的高等学校绩效工资总额管理体系设计进行探究。以军工高校为例，围绕军工高校“增强综合办学实力”的总体战略目标，选取“办学思想，管理，师资队伍，办学基础条件，学科、专业建设，人才培养，科学研究，国内外合作与交流，社会声誉”作为办学水平的评价指标，采取同办学水平相挂钩的绩效工资总额核定办法，旨在建立一套符合军工高校发展战略，能鼓励人才创新创造，具有市场竞争力，激励有效、竞争有序、科学公平、调控合理的新型军工高校绩效工资总额核定模式。　　 考虑到军工高校绩效工资总额的核定和管理不能突破我国对事业单位以及高等学校有关政策的整体框架，本文从建立合理的工资分配管理体制和绩效工资总量动态调控机制，多渠道分担经费来源，完善人事制度和保险制度等配套政策等方面对优化高校绩效工资总额管理提出建议，以期营造良好的政策和制度环境，克服绩效工资总额核定在实际操作中的困难，提高实用性。