【摘 要】
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人类基因组计划完成之后,掀起了对miRNA研究的热潮。大量研究表明,miRNA虽不参与编码蛋白,但广泛参与人类编码基因表达的调控,人类约三成的编码基因都在不同的水平受到miRNA
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人类基因组计划完成之后,掀起了对miRNA研究的热潮。大量研究表明,miRNA虽不参与编码蛋白,但广泛参与人类编码基因表达的调控,人类约三成的编码基因都在不同的水平受到miRNA调控。随着高通量测序技术和微阵列技术的发展,被确认功能的miRNA急剧增加。这使得通过科学计算的方法,对miRNA功能进行深入研究成为可能。人们不断挖掘miRNA与疾病之间潜在的关联规则,对其调控机制进行深入分析和研究。首先,本文在原有人类miRNA富集分析工具TAM的基础上,从权威数据库miRBase、HMDD中收集近年来相关的miRNA数据,并对数据进行整理,更新了原数据库中的miRNA功能集合、miRNA家族集合、miRNA簇集合和与疾病相关的miRNA集合。此外,为了充分研究人类miRNA对疾病的上下调功能,本文在该数据库中首次建立了 miRNA上下调疾病数据集合。其次,本文设计并实现了 Web版TAM 2.0系统。该系统在增加了对用户给出的miRNA列表与miRNA上下调疾病数据集合中的miRNA进行相关性分析的功能,并将分析结果进行可视化处理,方便用户对感兴趣的上下调miRNA基因进行有关疾病调控的相关性分析。针对miRNA集数量的急剧增加,TAM 2.0系统还增加了对miRNA集进行查询、结果保存以及对结果可视化显示等功能,更加方便用户对miRNA进行功能富集分析。最后,为使miRNA的数据库具有普及性,更容易实现推广,在无网络环境的条件下仍能方便地对miRNA集进行富集分析。本论文基于Python的wxPython库,设计并实现了 TAM 2.0系统的单机版TAMgui。其具有可离线下载、无网状态下使用的特点,更加方便用户使用。
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