随着人民健康保健意识的增强和医疗改革的深入推进以及《“十二五”国家战略性新兴产业发展规划》的出台,医药制造业的作用更加突出,面临着新的发展机遇。虽然重庆市的医药制造业已经取得了一定的发展和成绩,并形成了自己的特色和优势,但仍存在有研发投入不足、自主创新能力低下、创新活力不足等问题。2012年“毒胶囊”、“塑化剂”事件的曝光,使医药制造业面临着严峻的形势。如何突破面临的严峻形势,抓住新的发展机遇,成为重庆市医药制造业亟待解决的问题。首先,本文运用“投入~产出”的原理,构建了重庆、北京、天津和上海四个城市的技术创新效率评价体系,并运用规模报酬可变的BCC模型对这四个城市的技术创新效率进行了静态对比分析,研究发现:整体上看,重庆、北京、天津和上海四个城市医药制造业的技术创新效率呈波动上升的趋势,其中重庆市虽然在四个直辖市中处于西部地区,但其医药制造业的技术创新效率处于较高的水平,重庆市医药制造业的整体技术创新效率和分年份的技术创新效率均达到了最优的状态,而其他三个城市则没有完全达到最优的状态。北京市和天津市的DEA无效是技术效率和规模效率综合作用的结果,而上海市则主要是由规模效率的不足引起的。本文还运用Malmquist指数动态分析法对1998~2012年间重庆市医药制造业的技术创新效率进行了动态分析。重庆市医药制造业的技术创新效率整体呈上升趋势,技术创新效率的提高主要得益于技术进步的贡献。其次,本文从重庆市医药制造业的技术创新效率出发,运用最小二乘法回归模型,从企业自身、政府支持、市场环境和自然资源四个维度分析影响重庆市医药制造业技术创新效率的主要因素。研究结果表明:资金投入、企业的成长能力、政府扶持力度和资源禀赋对技术创新效率的提高具有正向效应,而人力资本投入、企业的国有化程度、市场开放程度和融资环境对技术创新效率的提高具有负向作用。最后,依据研究结论,本文建议应从加大政府扶持力度、突出企业在技术创新活动中的主体作用、推动国企改革等方面采取措施,推动重庆市医药制造业技术创新效率的提高。