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耳聋是人类最常见的感觉神经性疾病,大约每1000个新生儿就有1-3例耳聋患者。据估计在中国7岁以下的耳聋患儿大约有8百万,并且每年增加2-3万耳聋患者。大约50%的先天性耳聋和70%的儿童耳聋是由遗传因素导致的。非综合征型耳聋占遗传性耳聋的60%-70%。已报道了 100多个的非综合征型耳聋基因座位,其中20%的是常染色体显性遗传模式,75%的是常染色体隐性遗传模式,1%的X连锁遗传模式和至少1%的母系遗传模式。随着人类基因组计划的完成,对耳聋的发病机制的研究取得了显著进展。目前为止,已报道了导致非综合征型耳聋的70个基因和1000多种突变,45个以上的基因和69个基因座与常染色体隐性遗传性非综合征型耳聋相关。在中国,由GJB2、SLC26A4和mtDNAA1555G突变导致的非综合征型耳聋的比例分别为4%-30.4%[88]、13.73%-15%[118]和1.76%-8.56%[70]。因此,在耳聋人群中进行耳聋基因检测时要常规筛查这三个基因。另一方面,大多数耳聋患者的病因仍然不清楚。特别是对非常见耳聋基因的病因学贡献还未系统调查。由于这些基因数目庞大且突变频率低,而且通过常规的Sanger测序解决这个问题费用昂贵和耗费时间。然而,通过使用SNPscan高通量SNP分型技术克服了这种限制。在一些试验性研究中,原则上证实这个策略的可行性。在大规模耳聋人群中进行耳聋基因筛查,目的为探究耳聋患者的分子病因,为患者及家属提供风险评估及遗传学咨询。本研究包括以下两部分。第一部分SNPscan法与Sanger测序法用于中国西北地区少数民族非综合征型耳聋常见耳聋基因研究本研究对甘肃、宁夏、青海和新疆共1120例少数民族非综合征型耳聋患者运用 SNPscan 法进行 mitochondrialDNA12SrRNA,GJB2 SLC2和SLC26A4突变筛查,并与之前本研究团队用Sanger测序法检测结果进行对比分析,结果发现（1）SNPscan法检测到37例患者携带均质性mtDNAA1555G突变,突变频率为3.3%（37/1120）。其中18例有明确的氨基糖苷类抗生素使用史,表明氨基糖苷类抗生素的使用是该地区少数民族耳聋患者mtDNAA1555G突变检出率较高的主要原因之一。mtDNAA1555G突变频率在各地区、民族之间存在差异;3例患者携带均质性mtDNAC1494T突变,突变频率为0.26%（3/1120）。Sanger测序法检测结果与SNPscan法相同。（2）SNPscan检测到15.36%（172/1120）的患者携带明确GJB2基因突变。其中71例纯合突变,43例复合杂合突变,58例杂合突变,32种基因型。GJB2致病突变率（纯合突变,复合杂合突变）为10.18%（114/1120）。共检测到致病性等位基因286个,GJB2等位基因突变频率为12.77%（286/2240）。最常见的致病等位基因为c.235delC、c.35de1G和c.299300delAT,未检测到c.504insAACG突变;不同地区、民族之间GJB2等位基因突变频率差异有统计学意义;Sanger测序法检测到155例患者携带明确GJB2基因突变,其中66例纯合突变,35例复合杂合突变,54例杂合突变,50种基因型。致病突变率为9.02%（101/1120）,突变携带率为13.84%（155/1120）;共检测到致病性等位基因256个,GJB2等位基因突变频率为11.43%（256/2240）;最常见的致病等位基因为c.235delC、c.35delG和c.299300delAT,未检测到c.IVS1+1G>A突变;不同地区之间GJB2等位基因突变频率差异无统计学意义（X2=19.952,p>0.05）,虽然七个主要民族GJB2等位基因突变频率有差别（χ2=20.978,p<0.05）,但七个民族等位基因突变频率高低顺序与SNPscan法不同。总之,SNPscan法的突变检出率和等位基因突变频率要高于Sanger测序法,但未检测到c.504insAACG突变;而Sanger测序法可检出多态和更多核苷酸改变,未检测到c.IVS1+1G>A突变。（3）SNPscan检测到117例患者携带SLC26A4基因突变,其中54例纯合突变,15例复合杂合突变,48例杂合突变,37种基因型。SLC26A4致病突变率6.16%（69/1120）,突变携带率为10.45%（117/1120）;共检测到致病性等位基因186个,SLC26A4等位基因突变频率为8.3%（186/2240）;最常见的致病等位基因为c.IVS7-2A>G、c.2027T>A和c.2168A>G;不同地区、民族之间SLC26A4等位基因突变频率差异有统计学意义;Sanger测序法检测到78例患者携带SLC26A4基因突变,其中41例携带双等位基因突变（纯合突变34例,复合杂合突变7例）,37例携带单等位基因突变（杂合突变）,17种基因型。致病突变率为3.66%（41/1120）,突变携带率为6.96%（78/1120）。共检测到致病性等位基因119个,SLC26A4等位基因突变频率为5.31%（119/2240）;最常见的致病等位基因c.IVS7-2A>G和c.2168A>G。虽然SLC26A4等位基因突变频率在各地区和各民族之间存在差异,但是在不同地区、民族之间SLC26A4等位基因突变频率的高低顺序与SNPscan法不同。总之,Sanger测序法在突变位点、突变检出率、核苷酸改变和等位基因突变频率方面较SNPscan法检测结果明显要低;但是Sanger测序法具有准确性高,测序片段长的优点,适合于特定区域的测序及未知突变的验证;SNPscan法具有高通量,成本低的优势,适合针对全基因组SNP关联研究获得的初步阳性位点,以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。因此,可根据科研试验的要求,选择不同的方法。第二部分SNPscan法对中国西北地区非综合征型耳聋9个非常见耳聋基因研究为了调查非常见耳聋基因在中国西北地区非综合征型耳聋患者中的突变频率,本研究在354例非综合征型耳聋患者中进行CDH23,LRTOMTMYO15A,OTOF.PCDH15,TMC1,TMIE,TMPRSS3,TRIOBP基因突变筛查。结果发现21例患者携带非常见耳聋基因突变,其中15例纯合突变,1例复合杂合突变,5例杂合突变。8个无义突变,5个框移突变,9个错义突变。22种基因型:MY015A—p.E2339X,p.Y1392X,p.Q3172X,c.10419-10423del p.V2266M,p.D1451N;OTF—c.907908del,p.P775fs,p.G79R,p.R568Q;PCDH15—p.Y 394X,p.R245X,p.L777fs;TMC1—p.W557fs,p.G258D;TMIE—p.R96X;LRTOMT—p.C142X;TRIOBP—p.Q336X;TMPRSS3—c.346G>A;CDH23—p.P 240L,p.A179P,p.I1657N。非常见耳聋基因突变频率前四位依次是:MY015A（6/354,1.7%）,OTOF（4/354,1.1%）,CDH23（3/354,0.85%）,TMC1（2/354,0.56%）。本研究样本中5.93%的非综合征型耳聋是由非常见耳聋基因突变导致。