新型农村合作医疗制度实施以来，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。但在新型农村合作医疗制度运行过程中，违规征缴参合费用和套取基金的情况不断出现，凸显出对新型农村合作医疗基金进行有效监管的必要性和紧迫性。本文以此为背景，围绕新型农村合作医疗基金监管有效性评价指标体系构建、方法选定及其应用等问题展开具体研究，对提高新型农村合作医疗基金监管的有效性将会起到重要的推动作用。论文共分为七章，第一章为导论，第二章为基础研究，主要包括相关概念界定和理论基础；第三至六章为本文的主要部分，涉及了新型农村合作医疗基金监管有效性指标体系的构建、评价方法的选定、实证分析及相应建议；第七章对全文的研究进行了总结并提出了尚待研究之处。本文的主要研究结论有：（1）在明确新型农村合作医疗基金监管有效性基本内涵与理论基础的基础上，阐明了新型农村合作医疗基金监管有效性评价的功能，即描述功能、分析和评价功能、监督功能、引导功能；并且设计了新型农村合作医疗基金监管有效性评价的步骤。（2）在阐明构建新型农村合作医疗基金监管有效性评价指标体系的目标与基本原则的基础上，运用德尔菲专家咨询法筛选指标、运用带有专家可信度的层次分析法确定指标权重，最终形成了完整的新型农村合作医疗基金监管有效性评价指标体系，包括3个一级指标、6个二级指标、26个三级指标，通过分析认为指标覆盖内容全面、建立指标方法合理、权重计算准确。（3）在阐明新型农村合作医疗基金监管有效性评价方法的选择原则之后，对现代几种典型的综合评价方法如数据包络分析法、人工神经网络法、灰色综合评价法、模糊综合评价法的优缺点及适用场合进行了比较，认为新型农村合作医疗基金监管有效性评价过程将涉及到大量复杂情况和许多不易进行定量的因素，对它们的评价分级没有绝对明确的界限，具有模糊性，使用其他三种评价方法存在着不合理性，而模糊综合评价法能够将不易定量的因素通过模糊数学的隶属度理论予以定量化，可以较为系统全面的解决这一问题，故选定模糊综合评价法作为适宜方法，进而根据新型农村合作医疗基金监管有效性评价指标体系的设计，阐述了模糊综合评价法的计算过程。（4）利用新型农村合作医疗基金监管有效性评价指标体系和模糊综合评价法，对潍坊市青州市、济宁市汶上县和枣庄市市中区进行了评价，计算出三个县市新型农村合作医疗基金监管有效性综合评价值分别为17.544，16.024，17.504，即三个县市中，潍坊市青州市新型农村合作医疗基金监管有效性最强，枣庄市市中区次之，济宁市汶上县新型农村合作医疗基金监管有效性最弱。同时也对三个地区的监管能力、监管效率、满意度综合评价得分进行了横向比对，找出造成新型农村合作医疗基金监管有效性强弱的关键因素包括信息化管理率、执法取证设备配备率、监管工作执行等。（5）针对新型农村合作医疗基金监管有效性评价指标体系的设计和实例分析中暴露的问题，结合新型农村合作医疗基金监管的实际情况提出了具体建议。提升新型农村合作医疗基金监管有效性的建议主要有：完善新型农村合作医疗基金监管制度和体系、加强新型农村合作医疗基金监管队伍建设、加强新型农村合作医疗基金监管信息化建设以提升监管部门的监管能力；强化风险意识，克服冒险行为、积极开展现场检查、加大对定点医疗机构处罚力度以提升监管部门的监管效率；建立信息披露制度、建立多层次的信息发布渠道、建立投诉举报制度和监管激励机制以提升监管的满意度。另外，还应采取建立健全基层经办机构建设、推行乡级新型农村合作医疗经办机构人员县级垂直管理、开展“新型农村合作医疗诚信医院”创建活动等措施作以辅助。