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目的
确定龙湾区副溶血性弧菌在食源性疾病和水产品及其制品中的流行情况和特点。通过DNA测序分析,揭示菌株间的毒力、耐药性差异以及遗传变异和亲缘关系。
方法
按照GB4789.7-2013食品安全国家标准《食品微生物学检验副溶血性弧菌检验》分离和鉴定辖区腹泻病人与水产品及其制品中的副溶血性弧菌，并对其流行情况和特点进行研究；对选取的24株临床分离株和22株食品分离株DNA进行二代测序后对序列进行组装、基因预测、数据库比对、聚类分析、亲缘关系分析。对分离并保存下来的所有副溶血性弧菌菌株tdh和trh基因进行实时荧光定量PCR分析和药敏实验，验证测序分析结果。
结果
1)对2015年1月至2017年12月在龙湾区第一人民医院采集的1028份粪便或肛拭子标本进行了分析，分离出77株副溶血性弧菌，总检出率为7.49%，其中2015年为5.24%，2016年为9.20%，2017年为8.72%，平均检出率为7.72%。发病年龄段主要集中在11～60岁，其中31～40岁检出率最高。副溶血性弧菌感染率男性高于女性。检出副溶血性弧菌的月份为5月至10月，其中9月份最高。水产品及其制品总检出率为36.72%，2015年为15.38%，2016年为64.52%，2017年为30.00%，平均检出率为36.33%。每年4至5月份检出率最高，其次为8～9月份。各种水产品中均有检出副溶血性弧菌，贝类检出率最高为58.82%，虾类次之为36.84%。副溶血性弧菌在带壳的海产品和不带壳类海产品中均有检出，其中带壳类海产品中检出率高于不带壳类。
2)食品分离株基因呈现分布不集中的特点，系统发育图基因相似度较为松散，表现为明显的遗传多样性；部分食品分离株亲缘关系相近，没有明显的时间、地区和来源差异。临床来源副溶血性弧菌存在高度同源性，有一定的地区性，提示存在流行株，有食源性疾病爆发的潜在危险。部分食品株和临床株存在高度同源性，提示副溶血性弧菌引起的食源性疾病和进食水产品及其制品有一定的关联。
3)比较了46株副溶血性弧菌的基因组序列草图，测出3618个共有基因（46株共有），990个共有毒力相关基因，231个共有耐药性相关基因。食品分离株共检出6283个食品特有的基因，其中533个为毒力相关基因，耐药性相关基因在食品分离株中没有；临床分离株共检出1054个病人特有的基因，其中113个为毒力相关基因，3个为耐药性相关基因，食品分离株和临床分离株之间存在较大的基因组差异。所有菌株均含有T3SS1相关的毒力基因；临床分离株基本上均携带T3SS2α和T3SS2β基因，食品分离株大部分不携带T3SS2基因。携带毒力基因的临床分离株占91.67%（22/24），食品分离株有31.82%（7/22），临床分离株比食品分离株携带更多的毒力基因（P＜0.05）。
4)测序分析发现所有菌株都含有tlh基因。临床分离株同时携带tdh和trh基因为主，占87.5%，而食品分离株中不含有tdh和trh基因的菌株为多数，占81.82%；不存在含单个tdh或trh基因的菌株。tdh和trh基因的实时多重荧光PCR检测得出，62株临床分离物(96.88%)和7株(31.82%)食品分离株tdh阳性、trh阴性；2株(3.13%)临床分离物和15株(68.18%)食品菌株均不含有tdh和trh基因；未检出trh基因阳性菌株。毒力基因主要分布在临床分离株中。46株副溶血性弧菌采用测序分析方法和实时荧光定量PCR方法检测tdh基因的检出率分别为54.35%（25/46）和65.22%（30/46），两种方法检测结果有差异。
5)临床分离株中，副溶血性弧菌对头孢唑林耐药率最高(76.56%，49/64)，其次为氨苄西林（59.09%，13/64）和链霉素（31.82%，7/64）；对庆大霉素、亚胺培南、阿奇霉素、左氧氟沙星100%敏感；有49株（76.56%）分离株存在耐药现象，6株（9.38%）分离株有多重耐药表现，最多可耐6种抗生素。食品分离株中，对氨苄西林（59.09%，13/22）、头孢唑啉（40.91%,9/22）、链霉素（31.82%,7/22）有较高的耐药性，对阿奇霉素、美罗培南100%敏感；有17株（77.27%）分离株有耐药性。
结论
证明了龙湾区各类不同来源副溶血性弧菌的流行情况，从DNA角度获得本地区副溶血性弧菌的亲缘关系、毒力基因和耐药基因的差异、以及疾病相关毒力基因分布，了解了耐药现状。提高大家对副溶血性弧菌的风险评估认识。本研究的发现为龙湾区临床和食品来源的副溶血性弧菌株之间的系统发育关系提供了新的认识。
确定龙湾区副溶血性弧菌在食源性疾病和水产品及其制品中的流行情况和特点。通过DNA测序分析,揭示菌株间的毒力、耐药性差异以及遗传变异和亲缘关系。
方法
按照GB4789.7-2013食品安全国家标准《食品微生物学检验副溶血性弧菌检验》分离和鉴定辖区腹泻病人与水产品及其制品中的副溶血性弧菌，并对其流行情况和特点进行研究；对选取的24株临床分离株和22株食品分离株DNA进行二代测序后对序列进行组装、基因预测、数据库比对、聚类分析、亲缘关系分析。对分离并保存下来的所有副溶血性弧菌菌株tdh和trh基因进行实时荧光定量PCR分析和药敏实验，验证测序分析结果。
结果
1)对2015年1月至2017年12月在龙湾区第一人民医院采集的1028份粪便或肛拭子标本进行了分析，分离出77株副溶血性弧菌，总检出率为7.49%，其中2015年为5.24%，2016年为9.20%，2017年为8.72%，平均检出率为7.72%。发病年龄段主要集中在11～60岁，其中31～40岁检出率最高。副溶血性弧菌感染率男性高于女性。检出副溶血性弧菌的月份为5月至10月，其中9月份最高。水产品及其制品总检出率为36.72%，2015年为15.38%，2016年为64.52%，2017年为30.00%，平均检出率为36.33%。每年4至5月份检出率最高，其次为8～9月份。各种水产品中均有检出副溶血性弧菌，贝类检出率最高为58.82%，虾类次之为36.84%。副溶血性弧菌在带壳的海产品和不带壳类海产品中均有检出，其中带壳类海产品中检出率高于不带壳类。
2)食品分离株基因呈现分布不集中的特点，系统发育图基因相似度较为松散，表现为明显的遗传多样性；部分食品分离株亲缘关系相近，没有明显的时间、地区和来源差异。临床来源副溶血性弧菌存在高度同源性，有一定的地区性，提示存在流行株，有食源性疾病爆发的潜在危险。部分食品株和临床株存在高度同源性，提示副溶血性弧菌引起的食源性疾病和进食水产品及其制品有一定的关联。
3)比较了46株副溶血性弧菌的基因组序列草图，测出3618个共有基因（46株共有），990个共有毒力相关基因，231个共有耐药性相关基因。食品分离株共检出6283个食品特有的基因，其中533个为毒力相关基因，耐药性相关基因在食品分离株中没有；临床分离株共检出1054个病人特有的基因，其中113个为毒力相关基因，3个为耐药性相关基因，食品分离株和临床分离株之间存在较大的基因组差异。所有菌株均含有T3SS1相关的毒力基因；临床分离株基本上均携带T3SS2α和T3SS2β基因，食品分离株大部分不携带T3SS2基因。携带毒力基因的临床分离株占91.67%（22/24），食品分离株有31.82%（7/22），临床分离株比食品分离株携带更多的毒力基因（P＜0.05）。
4)测序分析发现所有菌株都含有tlh基因。临床分离株同时携带tdh和trh基因为主，占87.5%，而食品分离株中不含有tdh和trh基因的菌株为多数，占81.82%；不存在含单个tdh或trh基因的菌株。tdh和trh基因的实时多重荧光PCR检测得出，62株临床分离物(96.88%)和7株(31.82%)食品分离株tdh阳性、trh阴性；2株(3.13%)临床分离物和15株(68.18%)食品菌株均不含有tdh和trh基因；未检出trh基因阳性菌株。毒力基因主要分布在临床分离株中。46株副溶血性弧菌采用测序分析方法和实时荧光定量PCR方法检测tdh基因的检出率分别为54.35%（25/46）和65.22%（30/46），两种方法检测结果有差异。
5)临床分离株中，副溶血性弧菌对头孢唑林耐药率最高(76.56%，49/64)，其次为氨苄西林（59.09%，13/64）和链霉素（31.82%，7/64）；对庆大霉素、亚胺培南、阿奇霉素、左氧氟沙星100%敏感；有49株（76.56%）分离株存在耐药现象，6株（9.38%）分离株有多重耐药表现，最多可耐6种抗生素。食品分离株中，对氨苄西林（59.09%，13/22）、头孢唑啉（40.91%,9/22）、链霉素（31.82%,7/22）有较高的耐药性，对阿奇霉素、美罗培南100%敏感；有17株（77.27%）分离株有耐药性。
结论
证明了龙湾区各类不同来源副溶血性弧菌的流行情况，从DNA角度获得本地区副溶血性弧菌的亲缘关系、毒力基因和耐药基因的差异、以及疾病相关毒力基因分布，了解了耐药现状。提高大家对副溶血性弧菌的风险评估认识。本研究的发现为龙湾区临床和食品来源的副溶血性弧菌株之间的系统发育关系提供了新的认识。