领土完整是一个国家主权最重要的组成部分，我国陆上边界已经基本划定完成，但是，面对海洋地位的日益提高，我国在海洋划界问题上面临着重大挑战，正如周忠海教授所说，“东海浪不平，南海浪滔天”。如何在现实情况下维护我国领土完整和海洋权益，成为国家核心利益所在。在过去的相关研究中，面对国外对于我国相关主张的质疑和挑战，我们缺乏具体而有效的研究，很多时候我们只是简单运用“自我话语”对这些质疑和挑战加以否定，特别是我国在国际法和国际海洋法形成过程中参与力度不够，出现许多对于我国不利的情况，对此，我国采取一种消极而被动的应对，南海岛礁主权问题就是如此，虽然我国有充分的历史证据证明我国拥有南海岛礁主权，但是，随着国际法的发展，关于领土争端解决的一套新的体系正在形成，即有效控制原则，这无疑是对我国主张的一种挑战。如何论证我国对南海岛礁的主权地位，也是明确相关海域划界的基础。本文通过对有效控制原则基础理论分析，指出有效控制原则与现存领土取得规则“先占”和“时效”的不同，通过相应的国际法实践，分析出有效控制原则的理论要件，即主观要件——取得控制的主权意图和客观要件——实际有效的控制行为，并指出有效控制原则之所以在实践中大量应用，一是因为其弥补了传统领土取得规则的法律适用真空，二是因为其凝聚了先占和时效等传统领土取得规则中最具生命力的地方，即国家主权的行使或宣示。当然，有效控制原则也存在不足，一是其缺乏对无人岛礁的认定标准，因为无人岛礁的实际有效控制非常稀少，因此，相邻国家可能都会从国内法方面进行虚拟控制。二是挑战国际和平秩序，因为根据国际法院之前的判决，为了保证自己控制的更加有效，相关国家可能会采取武力手段。通过研究国际法院相关案例中对有效控制原则的具体应用，指出国际法院使用有效控制原则的变化，特别详细研究2008年马来西亚和新加坡的判决，指出白礁案对我国目前历史性依据的挑战，来重新分析我国所主张的历史证据，将其与有效控制原则相结合，根据国际法院的判决，从立法、行政、地图效力及承认几个方面来论证我国历史证据的合法性，也分析其它争端国的相应行为，指出其试图以“有效控制”来重新论证其所占岛礁主权的意图，以备我国在今后的研究及实践过程中，对他国的这种意图予以相应反击。通过以上分析，对于我国现行南海岛礁主权问题的解决提出自己的建议。首先，从法律层面，我们应该从国际法和国内法双方入手。在国内法方面，我们应该完善相应的无海岛居民、海上执法等法律。在国际法方面，我们应该持更加开放的态度，去考虑法律解决的可能性，例如像俄罗斯等国一样，明确“关于船只和船员的迅速释放”、“规定临时措施”的争端可以接受法庭管辖。其次，从行政管理层面。一是加强军事存在。一个国家海洋权益的维护，离不开相应国防实力的支持，显示军事存在，不但可以震慑周边国家的挑衅行为，为将来谈判提供筹码，也是对国际法院模糊态度的预防。一是进行自主开发。为了加强南海的管理，增加有效控制证据，我们应该把握时机在南海进行自主开发，避免处于被动地位。最后，我们在今后的研究中，要加强对历史性权利的研究，因为历史性证据是对我国最为有利的证据，但是，因为相应法律基础理论的模糊，其没有发挥相应的作用。而且，我们要加大对国际司法判例的关注度，因为国际司法判例在国际法实践中地位日益重要，对于我国更好的维护主权具有积极意义。