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手足口病由肠道病毒感染引起，是一种高发于0-5岁儿童的急性传染病，其在世界范围内出现多次大规模爆发流行，仅仅在中国大陆每年就有几百万例病例。手足口病的流行给公共卫生带来了威胁。目前仅有靶向EV71的手足口病单价疫苗上市，但由于肠道病毒病原的多样性，EV71单价疫苗可能无法有效控制疫情。因此对于手足口病病原谱的监测及主要病原分子进化的研究仍然十分重要。为此，本研究在前期建立的肠道病毒诊断分型方法的基础上，进一步完善检测体系，对厦门地区手足口病肠道病毒病原谱进行了全面的监测，并对主要病原的分子进化情况进行了分析: 1、首先对厦门地区手足口病流行情况和肠道病毒病原谱的组成及变化趋势进行了分析。结果表明2008-2015年间共报道27364例病例，包括99例重症病例和6例死亡病例。手足口病发病数尽管逐年上升，但发病率低于全国水平。其高发于小于5岁的人群，且在工业区的发病率最高。2013-2016年间病原谱分析表明:在厦门地区，EV71、CA16、CA6、CA10为主要病原，伴随A组、B组其他肠道病毒的共同流行。综合前期数据，主要病原呈现出周期性交替流行的特点:EV71、CA16、CA6分别是2010、2012、2014年，2009、2011年和2013、2015年的主要病原，CA6、CA16则为2016年一季度的共同首要病原。 2、在此基础上，对主要病原的分子进化情况进行了研究。研究表明:EV71存在多个传播链，主要为C4a亚型的流行，同时也监测到B3、B5、C2、C5亚型的散在流行;CA6在2013年前存在多个传播链，而往后只有一个传播链;CA10只有一个传播链。此外，对轻重症CA10毒株的序列差异进行了分析，结果表明:毒株存在多种病毒的重组，轻重症序列间存在10个氨基酸位点差异。 总之，本研究分析了厦门地区手足口病流行病学特点，阐明了病原谱组成情况并对主要病原的分子进化进行了分析，该研究可以为手足口病的预防与控制提供帮助，也为其它手足口病疫苗的研发提供科学依据。