农业是国民经济的基础，农业的兴衰直接关系到能否实现农民增收、农业现代化、统筹城乡经济社会和谐发展的目标。“三农”问题是关系新世纪新阶段改革开放和现代化建设全局的大问题，也是关系社会稳定的大问题。农业产业化经营是对传统农业制度的创新，是优化农业产业结构、实现农民增收、促进新农村建设和城乡协调发展的关键。农业产业化经营组织创新可以大大提高农民组织化程度，农业产业化经营组织创新是解决农业生产与大市场之间矛盾的有效途径。因此，必须通过加速推进农业产业化经营来促进农村社会实现和谐社会。我国的农业产业化经营制度变迁是一个渐进的过程，它取决于实际制度需求与实际制度供给二者的变化。推进农业产业化经营过程中的核心问题就是：如何建立农业产业化经营的有效组织和如何选择农业产业化经营组织创新路径的问题?本文主要对这个农业产业化经营过程中的核心问题，从新制度主义的角度做了深入研究。本文运用新制度经济学和博弈论的理论，分析了我国农业经营制度变迁过程及变迁趋势、农业产业化经营组织的现状及存在的问题。通过对农业产业化经营组织的现状及存在的问题的分析，并征对这些现状和问题提出了优化农业产业化经营组织形式的具体措施和方法。农业产业化经营制度变迁的动因是通过克服家庭联产承包责任制的制度缺陷来节省交易费用。农业产业化经营组织创新的方向是通过建立有效组织来降低交易费用。运用博弈论、制度变迁与组织创新理论，研究了农业产业化经营的三种主要组织形式即合同制、合作制和股份合作制的产生机理以及制度缺陷，研究了合同制、合作制和股份合作制演进的逻辑与过程，并在此基础上比较了这三种组织形式的制度安排与效率特征。通过这些研究和分析提出了：我国农业生产与大市场之间的矛盾是农业产业化制度变迁的基础；制度变迁和组织创新的基本途径是在现有农村生产要素所有制的基础上，通过农业资源及生产要素资本化的制度创新，为农业产业化经营提供强有力的组织制度保障，从根本性上解决农业生产与大市场之间的矛盾，满足社会化大生产的需要，推动我国农业向现代农业的转变；股份合作制能较好地促进不同生产要素的流动和重组，积极推动农业资源及生产要素资本化，实现单个资本向社会资本的转化，促进农业资本的积累，满足农业社会化大生产的需要，是农业产业化经营组织创新的基本取向。