上世纪九十年代初以来，伴随着网络的不断普及，运用网络来处理政府的日常事务，提高政府工作效率，改善政府行政形象，已经成为各国政府的共识。于是，电子政务这一新生事务应运而生了。在过去的十年中，电子政务系统迅速地在各国得到广泛应用。经过近十年的不懈努力，我国的电子政务系统已经迅速普及到公安、工商、税务、物价等多个部门，给人们提供了另外一种与政府部门交往的途径，收到了良好的效果。但是，电子政务在给人们带来方便的同时，其安全性也越来越广泛地受到人们的关注，利用窃取权限、非法侵入等手段对电子政务系统进行入侵、破坏等活动已经成为黑客的惯用手段。 所有的这些破坏活动给政府和社会带来的损失正在以很快的速度增长。如何在利用电子政务的方便与快捷的同时，充分保障系统的安全性和防破坏性，已经成为各国政府极为关注的严重社会问题。本文从实践的角度出发，以作者现正参与的一个电子政务系统为依托，通过对电子政务应用软件系统的安全需求和所面临的主要威胁进行深入剖析，从技术上提出了应对策略及解决方法，指明了电子政务系统文件安全管理中存在的问题，提出解决问题的方案；提出了电子政务系统的安全管理应从电子政务文件管理入手的思想，对区、县级行政服务中心的管理信息系统文件的安全管理进行较为详细的设计，从文件分类入手，建立了原始模型，为应用软件系统的文件安全管理奠定了基础，进而设计了基本数据库，提出了数据结构，作出具体的算法，实现了管理信息系统文件的安全管理，并且对系统的跨平台使用也作了研究，使系统有较为广泛的应用，对当前电子政务系统的文件安全管理现状进行了详细的分析，需要建立适合电子政务系统特点的文件管理权限和访问控制措施以及对文件的跟踪管理，使反拒认措施得以实现，最终实现电子政务系统的安全。