以四川广元上寺二叠－三叠系界线剖面为研究对象，研究了各类生物标志物在界线附近的变化，并结合前人关于该剖面地层、古生物、沉积环境及地质事件的研究成果，综合分析了二叠－三叠系界线附近生物与环境变化的特征及成因。 上寺剖面有机碳(TOC)含量变化较大，呈现低－高－低－高的四段式变化特征，说明沉积环境呈现阶段式变化；热解参数反映该剖面样品演化已至成熟－高成熟阶段；另外，甾烷及芳烃类成熟度参数也都反映了该剖面样品演化已至成熟－高成熟阶段；热解分析及干酪根镜检表明有机质类型为Ⅱ型，主要为藻类和细菌类生源。 正构烷烃分布以前高单峰型或前高双峰型为特征，主峰碳都位于低碳数区，且轻重比nC21-/nC22+介于0.7～17.31之间，反映生源构成中，主要是以藻类和细菌类为主的低等生物，但混有少量的高等生物。甾烷/藿烷比自下而上呈现高(11～14层)－低(15～18层)－高(19～27层)－低(28～29层)－高(30～36层)的变化特征，反映藻类和细菌类生物对有机质的贡献存在高低起伏的变化。 Pr/Ph值在该剖面中自下而上呈现四段式变化特征：11～14层较高(平均1.23)，反映沉积环境属于弱氧化－弱还原环境；15～18层属于平缓的低值区(平均0.75)，为典型的还原环境；19～27层介于0.85～1.24之间，为还原－弱氧化环境；28～36层大多介于1.05～1.43之间，说明沉积环境为弱氧化－弱还原环境。硫芴相对含量也出现由低到高再降低再增高的变化特征，与Pr/Ph值反映的信息基本一致。 通过干酪根和碳酸盐岩碳同位素的研究，发现两者都在二叠－三叠系界线附近急剧降低，与其它剖面的情况类似，也展示了界线附近大气、海洋二氧化碳系统发生了重要变化。 综合本次研究及前人研究成果得出，二叠－三叠系界线划分在29层中部更合理。