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目的：探讨长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)在肝癌中表达情况,构建肝癌差异表达lncRNA表达谱,筛选和鉴定与肝癌发生和发展密切相关的lncRNA,并分析差异表达lncRNA作为肝癌早期诊断、侵袭转移及预后复发相关分子标志物的可行性,为肝癌临床诊断及治疗提供新的策略。方法：在NCBI GEO DateSets数据库中筛选肝癌组织基因芯片的原始实验数据,利用基因芯片显著性分析(significance analysis of microarray, SAM)软件分析基因在肝癌中的表达情况,构建肝癌差异表达lncRNA表达谱。通过DAVID在线软件对差异表达lncRNA进行功能分析,评估差异表达lncRNA在肝癌中的功能。然后选择差异显著的肌动蛋白丝相关蛋白1-反义RNA1(actin filament-associated protein1-antisense RNA1, AFAP1-AS1)进行初步功能验证。首先利用实时荧光定量PCR方法检测30对新鲜肝癌组织及对应癌旁组织中AFAP1-AS1的表达情况,验证SAM分析的结果。再利用组织微阵列切片结合原位杂交方法筛查82例肿瘤组织(包括食管癌11例、胃癌11例、肝癌26例和结直肠癌34例)及对应癌旁组织中AFAP1-AS1的表达情况,对表达差异明显的肝癌组织,再扩大样本量(70对肝癌组织石蜡切片)进一步验证,并分析AFAP1-AS1表达与肝癌主要临床病理特征的相关性,评估其在肝癌淋巴结转移中的作用。结果：SAM软件分析肝癌组织基因芯片表达数据,得到显著差异表达lncRNA46个,其中表达上调lncRNA19个,表达下调lncRNA27个。DAVID在线软件功能分析发现RPL23AP64、TPT1-AS1、C3P1、 AFAP1-AS1、WDFY3-AS2、FAM99B、TTTY6在肝癌中有重要功能。初步功能验证发现,AFAP1-AS1在30例肝癌新鲜组织中表达水平显著低于癌旁组织(P<0.05)；多肿瘤组织芯片原位杂交结果显示,AFAP1-AS1在食管癌中的表达水平高于癌旁组织(P<0.05),在肝癌组织中的表达水平低于癌旁组织(P<0.05),在胃癌和结直肠癌中其表达与癌旁组织中的表达水平没有明显差异(P>0.05)。扩大肝癌组织样本量后,仍然发现肝癌组织中的AFAP1-AS1表达水平明显降低,并且与临床分期和淋巴结转移有关(P<0.05)。AFAP1-AS1作为肝癌淋巴结转移的分子标志物的灵敏度、特异度、符合度、阳性预测值和阴性预测值分别为91.23%、28.21%、65.62%、68.75%和65.00%。结论：本实验成功构建肝癌1ncRNA差异表达谱,其中包括表达上调lncRNA19个,表达下调lncRNA27个；AFAP1-AS1在肝癌中低表达,与肝癌临床进展和淋巴结转移密切相关；AFAPl-AS1可作为新的肝癌候选分子标志物。