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在知识经济时代,日新月异的科技创新代表着未来经济的发展方向,科技进步和创新是一个国家保持长期稳定发展的关键,自主创新能力的强弱也已经成为企业能否取得市场竞争优势的重要因素。我国在自然资源,人力资源和经费等方面相对匮乏,要在科技实力上赶上发达国家,达到世界先进水平,更多地取决于自主创新的绩效水平。只有通过提高自主创新绩效,合理高效地利用科技创新投入要素,才能更快地实现科技进步和自主创新,使我国迈入创新型国家的行列。大中型工业企业是我国国民经济的重要支柱,也是科技进步的主要力量,在保障国民经济的稳定发展上的作用无可替代。本文主要是在对大中型工业企业自主创新绩效影响因素深入分析的基上构建我国大中型工业企业自主创新绩效评价体系,并使用DEA方法和Malmquist指数方法分别从登记注册类型、行业、地区三个方面对我国大中型工业企业自主创新绩效进行静态和动态评价。研究结果表明：2010年,在23种登记注册类型企业中,10种登记注册类型DEA相对无效,非DEA有效的原因在于纯技术无效和规模无效率,其中纯技术无效对自主创新效率的影响更大；在37个行业中,有21个行业DEA相对无效,行业的DEA无效是规模无效率和纯技术无效共同作用的结果；在除西藏外中国内地30个省区市中,18个省区市DEA相对无效。各地区纯技术效率水平较高,规模无效率是造成DEA相对无效的主要原因。纵向来看,2000—-2010年,内资企业中私营企业和混合所有制企业由于技术进步,自主创新绩效提升迅速,国有企业和集体企业长期存在的资源配置效率低和由此导致的技术进步缓慢使得国有和集体企业自主创新绩效增长缓慢,港澳台投资企业和外商投资企业自主创新绩效增长小于平均水平；有13个行业的自主创新绩效处于上升态势,技术进步和资源配置效率的提高共同促进了创新绩效的提升。剩余24个行业的自主创新绩效呈下降趋势,大都是由于技术退步引起的；大部分地区大中型工业企业的自主创新绩效水平呈上升的态势,只有内蒙古、江西和广西三个省区的自主创新绩效水平出现了下滑。