种群遗传多样性与遗传结构是保护遗传学的重要研究内容。本研究利用线粒体DNA和12个微卫星位点分析了雕鸮(Bubo bubo)东北与华南亚种种群遗传多样性与遗传结构。研究目标是:1)揭示雕鸮线粒体DNA的Cyt b至12sRNA基因间核苷酸序列的结构特点,探讨其用于鉴别种群来源地的可行性;2)揭示雕鸮种群遗传多样性水平与遗传结构,借此提出相应策略保护雕鸮种群。主要研究结果如下:1.雕鸮线粒体DNA的Cyt b至12sRNA基因间具有重复的tRNAGlu-CR,且第一个tRNAGlu去功能化、2个控制区(CR1和CR2)高度同源(相似性达68%)。雕鸮的控制区结构与其他鸱鸮科鸟类类似,但其2个控制区都仅在Domain I中存在重复序列:CR1中有4种类型的重复单元(a、b、c、d,长均为22bp),其中b为所有雕鸮共有;CR2中只有1种类型的重复单元(e,长69/70bp)。2.线粒体 DNA(Hd=0.995,Pi=0.0053)与微卫星位点(Ho=0.734,He=0.792)均显示我国雕鸮种群遗传多样性水平较高、与欧洲雕鸮种群遗传多样性水平相近。基于线粒体DNA的系统发育分析(B1与ML)表明,雕鸮可以分为2个单倍型亚群(A与B-C,其遗传距离为0.01),A亚群只包括东北亚种,其CR2重复序列皆为e-1,B-C亚群包括东北与华南亚种,其CR2重复序列皆为e-2。但基于微卫星的数据分析并没有出现类似的结果。2种分子标记都显示东北和华南亚种间有显著的基因交流。雕鸮线粒体控制区重复单元的类型在其线粒体单倍型亚群间存在差异,但与地理种群间没有关联性,不能用于鉴别种群来源地。雕鸮东北与华南亚种种群遗传多样性水平较高,但应继续保护其生存环境、减少人类活动的干扰、严厉打击偷猎盗猎。两个雕鸮亚种没有形成显著的遗传结构,可以作为一个管理单元进行保护。