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大黄鱼(Larimichthys crocea),又称黄花鱼、金箔鱼、黄瓜鱼、黄鱼等。属于脊索动物门,脊椎动物亚门,硬骨鱼纲(Osteinchthyes),辐鳍亚纲,鲈形目(Perciformes),石首鱼科(Sciaenidae),黄鱼属(Larimichthys),分布于中国大陆近海域。由于过度捕捞和环境退化,野生大黄鱼的数量急剧下降。为恢复这一传统的渔业资源,我国水产科技工作者对大黄鱼进行了大量的人工繁殖与苗种培育工作,浙江、福建等地区每年向自然海区放流数以千万计的人工鱼苗。近年来自然海区大黄鱼资源量在逐年增加,取得了显著的经济,社会和生态效益。因此,关于增殖放流的大黄鱼对野生大黄鱼群体的遗传影响有必要进行评估。本研究利用大黄鱼的外部形态、解剖结构:鳔侧支、耳石结构,线粒体COI基因、Cytb基因和D-loop区以及微卫星分子标记手段,比较和分析了大黄鱼的种质差异和遗传变异,以期为大黄鱼种质保护和资源管理提供科学依据。主要研究结果如下:1.不同遗传群体的形态及分子特征根据资源调查发现,舟山部分大黄鱼野生群体的解剖特征与现有分类学图书资料中大黄鱼解剖特征不完全相符,耳石形态与原来解剖学描述也有差异。故通过比较舟山大黄鱼野生群体和福鼎大黄鱼养殖群体的形态差异,对大黄鱼的侧线下鳞、鳔支管的描述进行修订与补充。分子鉴定结果显示舟山野生大黄鱼和福鼎养殖大黄鱼的相似度最高,亲缘关系最近。2.线粒体DNA标记分析利用不同线粒体DNA分子标记(COI基因、Cytb基因和D-loop区)对9个大黄鱼群体进行研究,结果表明:获得的454bp COI序列中,总变异位点27个,简约信息位点12个,其中养殖群体含10个变异位点,野生群体含23个变异位点;获得的741bp Cytb序列中,总变异位点64个,简约信息位点34个,其中养殖群体含20个变异位点,野生群体含62个变异位点;805bp控制区中,总变异位点126个,其中养殖群体含56个变异位点,野生群体含113个变异位点。碱基组成上,大黄鱼的碱基组成均具有碱基偏向性,转换颠换比值R分别为2.1、41.6、8.7。在所有样本中COI基因检测出26个单倍型,单倍型多样性为0-0.92,核苷酸多样性为0-0.005,其中野生及养殖群体的单倍型多样性指数为0.8-0.92、0-0.54;Cytb基因和D-loop区检测出73和97个单倍型,养殖与野生单倍型多样性为(0-0.83、0-0.91)和(0.9-0.97、0.99-1)。UPGMA进化树显示野生群体聚在一起,养殖群体聚在一起。大黄鱼养殖群体与野生群体的遗传分化主要来自于群体内部。野生群体遗传多样性高于养殖群体,养殖群体遗传多样性处于较低水平,与野生群体组群间存在显著遗传分化。中性检验的Tajima’s D和Fu’s Fs分析发现野生大黄鱼群体经历了快速暴发和扩张事件。还得出大黄鱼线粒体D-loop区在种内的群体的鉴定中具有更高的灵敏性。3.微卫星DNA标记分析利用自主开发的16个大黄鱼微卫星引物,对9个大黄鱼群体进行了遗传多样性、遗传结构和历史动态分析。遗传多样性分析结果表明这16个位点中有6个属中度多态位点(0.25<PIC<0.5),10个属高度多态位点(PIC>0.5),平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.61,7个位点显著偏Hardy-Weiberg平衡,9个位点未偏离平衡。各群体的等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、等位基因丰富度(Ar)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)在ZS群体最高,在DQZ群体最低且均偏离哈迪温伯格平衡,表明这9个群体的遗传多样性处于中等偏上水平。AMOVA分析表明遗传变异主要来自群体内,遗传分化系数达到了显著或极显著水平。遗传距离结果表明DQZ和Z之间的遗传距离最大(D=0.28、S=0.781),D1Y与ZS的遗传距离最小(D=0.020、S=0.981),UPGMA系统进化树显示DQZ和YD首先聚为一大支,然后自然群体(ZS、D1Y、GZY)聚为一类,Z、SC、D1、FD聚为一类,Structure结果也呈现相似的结果,最佳K值为2或5。瓶颈效应结果表明有效群体大小(Ne)范围在8.1到无穷大,野生群体在历史上都很有可能经历过遗传瓶颈效应,等位基因频率分布图呈L型分布。